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Les GEBV produits à partir de l’été 2020 le sont sur la base d’une connaissance affinée du génome bovin

Note Iboval n°90 – juillet 2020

Publié le par Philippe Boulesteix (Institut de l'Elevage), Nathalie Malaval (Institut de l'Elevage), GenEval
Evaluations et index Bovin viande
L’évaluation IBOVAL estivale génomique 2020 (réf. 2021_01) utilise une version plus précise de l’assemblage bovin, c’est-à-dire la « carte » du génome, support des évaluations génomiques. Cette mise en œuvre se traduit, toutes choses égales par ailleurs, par de légères variations d’index consécutives à l’amélioration de la fiabilité de cet assemblage. Ces modifications de niveaux s’ajouteront à celles habituellement constatées entre deux évaluations successives pour les valeurs génomiques des animaux génotypés des races concernées (à savoir Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine).

Les différents tests de mesure des conséquences du nouvel assemblage montrent un faible à très faible impact global sur les évaluations génomiques. Les quelques variations générales observées, moitié moindres en moyenne que les changements entre deux évaluations successives officielles classiques, sont une conséquence directe du changement de carte du génome.

 

Le gradient d’impact, systématiquement favorable, dépend de la structure de la population, du nombre de typages et du type de puces utilisées. Ainsi, globalement, les conséquences du nouvel assemblage sur les index sont plus importantes en bovins viande qu’en bovins laitier de même qu’elles sont plus importantes pour les races pour lesquelles la part des typages réalisés avec des puces de basse densité est plus élevée.

 

La bascule en faveur d’une utilisation du nouvel assemblage est effective depuis le 24/02/2020. Depuis, les nouvelles phases sont utilisées pour le calcul des valeurs privées (IPVgénos). Le traitement IBOVAL complet 2021_01 de cet été 2020 est le premier à utiliser les nouvelles phases en bovins viande. Un surcroît de variation d’index génomiques individuels pourra être expliqué par l’utilisation du nouvel assemblage.

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