IBL 2015-5 : La nouvelle méthode française d'évaluation génomique

Les principales différences entre les deux méthodes sont les suivantes:

• la population de référence mâle pour l'établissement des équations de prédiction a été presque multipliée par deux, avec plus de 30000 taureaux Holstein et autour de 2500 taureaux montbéliards et normands. Pour ces dernières races, l'inclusion des femelles pour les performances de production, de morphologie et de comptages cellulaires équivaut à multiplier l'effectif de référence par un facteur 2.5 et 1.9 respectivement

• le modèle d'évaluation considère maintenant jusqu'à 3000 QTL expliquant 70 à 80% de la variance génétique; cette spécificité du modèle français a été conservée et étendue. La composante résiduelle, soit 20 à 30% de la variabilité génétique, est désormais estimée à l'aide des SNP de la puce basse densité, sous la forme d'une matrice de parenté génomique qui remplace la parenté généalogique; ce choix rapproche le modèle français des modèles classiques du GBlup à l'étranger

• la prise en compte des performances des femelles dans l'évaluation génomique. Pour la Brune et la Holstein l'impact est restreint à la femelle elle-même. Pour la Montbéliarde et la Normande, les femelles contribuent à l'estimation des effets des QTL et des SNP au niveau racial et affectent aussi l'évaluation de leurs apparentés génomiques

Ce changement méthodologique amène des évolutions d'index parfois importantes, mais il s'accompagne d'une plus grande précision dans l'évaluation précoce des jeunes animaux. On en attend une meilleure stabilité des index avec l'arrivée des performances, une estimation plus juste des animaux d'origine étrangère et une plus grande cohérence avec les évaluations dans les pays étrangers.