L’objectif de ce travail a été de créer des indicateurs de suivi de schémas de sélection, à la fois sur le côté progrès génétique (réalisé / réalisable) et sur l’aspect gestion de la consanguinité.

" Au travers de cette étude, la volonté de SYNETICS est de s’appuyer sur une expertise externe spécialisée. L’optimisation de nos dispositifs génétiques est continue et ce type de mesure permet d’identifier les axes de progrès. Cela permet de challenger à posteriori les orientations prises en interne, parfois aussi de s’assurer que certaines décisions n’engendrent pas de dérives non identifiées en amont, sur des critères annexes.

La méthodologie et les résultats associés, mis en place avec nos experts génétiques nationaux, apportent ce regard extérieur pour améliorer la performance de nos programmes de sélection. "

Sébastien Delaunay, responsable schéma SYNETICS

Description des schémas et des populations d’étude

Le progrès génétique d’une population se mesure par la supériorité génétique des descendants retenus par rapport à leurs parents sur les caractères d’intérêt. Ce gain génétique résulte de différentes étapes de sélection successives dont l’efficacité peut être analysée.

La voie majeure de progrès en bovin laitier reste la voie Père-Fils. Toutefois, les avancées scientifiques permettent aujourd’hui aux entreprises de sélection de travailler également plus efficacement sur les autres voies (Mère-Fils, Mère-Fille et Père-Fille) notamment grâce au transfert embryonnaire (TE) et à la fécondation in-vitro (OPU-FIV). Ces deux outils permettent un progrès génétique plus fort avec notamment une intensification de l'utilisation des meilleures femelles, une intensité de sélection plus élevée et une réduction des intervalles entre les générations. De part leurs impacts, une utilisation trop intensive de ces outils pourrait mener à une baisse de la diversité génétique et une augmentation de la consanguinité.

La consanguinité d’un individu se mesure par l’apparentement entre ces deux parents : plus la mère et le père sont des parents proches (un ou plusieurs ancêtres communs), plus l’individu sera consanguin. L’augmentation de la consanguinité au sein d’une population peut être néfaste sur des caractères d’intérêt (production, reproduction, survie). On appelle ce phénomène la dépression de consanguinité. Afin de l’éviter, il est primordial que les entreprises de sélection maîtrisent l’augmentation de la consanguinité dans leur population.

C’est pourquoi une approche en parallèle de ces deux aspects (progrès génétique, consanguinité) est nécessaire pour le suivi des performances des schémas de sélection.

Au cours de cette étude, notre analyse s’est portée sur la voie mâle.

Dans le schéma, il y a plusieurs étapes de sélection successives. La sélection génomique permet d’identifier précocement des candidats nés des accouplements stratégiques dès leur plus jeune âge. Notre étude a donc consisté à construire des indicateurs pouvant mesurer le progrès réalisé entre chaque grandes étapes de sélection mais aussi entre étapes intermédiaires.

Définition des indicateurs de suivi schémas

Nous nous sommes basés sur des données réelles, avec des listes d’animaux candidats et femelles schéma transmis par l’entreprise de sélection. 
L’un des objectifs des indicateurs est de mesurer l’écart entre ce qui a été réalisé et le maximum qui aurait pu être fait en termes de progrès si la sélection des candidats avait été réalisée exclusivement sur l’Index de Synthèse Unique (ISU) de la race ou sur un autre caractère donné (ex : LAIT).
Les index étudiés pour ce travail sont : ISU, ISUO (ISU originalité), LAIT, synthèse MO (morphologique) et synthèse REPRO (reproduction).

Les indicateurs retenus pour mesurer les performances génétiques des schémas sont :

En ce qui concerne le calcul d’indicateurs sur le suivi de la variabilité génétique, nous nous sommes focalisés sur des indicateurs obtenus à partir de l’analyse des pedigrees : 

• le coefficient de consanguinité des taureaux
• la parenté moyenne de chaque taureau avec l’ensemble des femelles schéma

Nous avons décrit nos populations selon ces deux indicateurs puis par étape de sélection.
L’ensemble des indicateurs sont mesurés par année de naissance des candidats à la sélection. Plusieurs années de suivi permettent de visualiser des évolutions.

Les résultats de cette étude

Ce schéma présente les différentes populations comparées sur leur niveau génétique et leur consanguinité. Les femelles participant au schéma sont réparties dans différentes classes selon leur valeur génétique. Les différents indicateurs ont été mesurés pour chacune de ces étapes, y compris les intermédiaires et avec la distinction par niveau des femelles schéma.
 

Au cours des différentes étapes de sélection, le nombre d’animaux se réduit et la consanguinité moyenne des individus retenus a tendance à augmenter. Toutefois, on note qu’entre les étapes 2 et 3 une vigilance a été apportée pour limiter la hausse de celle-ci et la contenir au moins au même niveau.

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