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IBL 2016-1 : L'indexation génomique des races laitières régionales

Publié le par Didier Boichard (INRAE Jouy (78)), Marie-Pierre Sanchez (INRAE GABI), Anne Barbat-Leterrier (INRAE GABI)
Génomique Evaluations et index Bovin lait
Dans le cadre des programmes Gembal et G2R, l'INRA a développé l'évaluation génomique des races Abondance, Tarentaise, Vosgienne et Simmental. Les trois premières OS citées ont défini un cadre juridique et demandé l'officialisation des index génomiques en mars 2016. Nous signalons aussi qu'à partir de ce traitement, les inséminations par l'éleveur (IPE) sont utilisées dans l'indexation des caractères de fertilité. Par ailleurs, la Vosgienne bénéficie d'une indexation de la longévité directe (risque de réforme pendant la vie productive des vaches).

L'évaluation génomique s'appuie sur des populations de référence pour estimer les effets des marqueurs génétiques. Ces populations sont constituées de taureaux et de vaches avec performances, génotypés pour les projets Gembal et G2R.

 

Les prédictions sont réalisées à partir de génotypages 50k réels, ou imputés à partir de la puce LD, avec une précision élevée et souvent supérieure à 99.5% pour les 43 801 marqueurs utilisés actuellement. Le modèle d’indexation est proche de celui des grandes races, en particulier la version montbéliarde et normande, avec des QTL suivis par des haplotypes de 4 marqueurs et une composante génomique résiduelle estimée à partir d’environ 9000 SNP. Mais compte tenu de la taille plus limitée des populations de référence, le nombre de QTL varie entre 500 et 1000, alors qu’il peut aller jusqu’à 3000 pour les races principales.

 

Les évaluations produites pour les jeunes animaux de moins de 2 ans ont une précision moyenne un peu supérieure à 0.50 pour la production laitière et la morphologie. Cette valeur moyenne est plus difficile à atteindre pour les comptages cellulaires (de 0.45 à 0.51 selon la race) et surtout pour la fertilité des vaches (de 0.34 à 0.40 selon la race). Ceci explique la décision de publier les index fonctionnels dès qu'un CD de 0.35 est atteint pour avoir une série complète d'index pour les mâles. Les exigences pour les femelles, à savoir un CD minimal de 0.30, leur permettent aussi une série complète d'index, en particulier pour tous les caractères fonctionnels.

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