Au cours de ces dernières années, une dégradation de la flore totale du lait a été constatée dans les filières ovine et caprine. Dans le bassin de Roquefort, elle a été enregistrée entre janvier et avril 2009 même si des phénomènes similaires, mais de moindre ampleur, avaient été signalés antérieurement.Chez la chèvre, on a assisté à une altération des résultats de qualité du lait. Par ailleurs, chez cette espèce, des cas de dégradation de la flore totale du lait dans lesquels l’état sanitaire du troupeau (infections mammaires subcliniques) peut être incriminé sont régulièrement rapportés. Une étude préliminaire a donc été conduite afin de préciser les problématiques rencontrées.

Une étude descriptive, exploratoire

 Après une analyse des connaissances disponibles, une étude descriptive des résultats de flore totale des élevages de petits ruminants laitiers a été conduite afin :

• d'objectiver la dégradation de la flore totale des laits de petits ruminants au cours de ces dernières années (ampleur, saisonnalité),
• d'étudier les relations entre les différents critères de qualité du lait et caractériser les cinétiques d’évolution des résultats obtenus par les producteurs (concentrations cellulaires et flore totale) afin d’identifier les situations ou profils d’élevages à problème.

Cette situation globale recouvre vraisemblablement différentes problématiques, analytique (recours à de nouvelles techniques de dénombrement de la flore, origine bactérienne des élévations de flore) et sanitaire (part de l’excrétion mammaire dans ces élévations).

Après une analyse des informations disponibles sur le plan analytique (techniques mises en oeuvre, corrélation entre dénombrements automatisés et obtenus par la méthode de référence, nature des flores dénombrées), elle s’est intéressée à la description des résultats de flore totale des élevages de petits ruminants laitiers.

Des particularités à prendre en compte sur le plan analytique :

• Les particularités des laits de chèvres et de brebis incitent à établir des procédures de calibration spécifiques,
• Des concentrations cellulaires très élevées (au-delà de 4 millions de cellules par ml) pourraient influer sur les dénombrements de flore totale. Cette incidence, vraisemblablement modérée, mériterait d’être quantifiée, particulièrement en élevages caprins,
• L’existence de cas de non concordance entre résultats obtenus par la méthode de référence et par les techniques de comptages automatisées, en relation ou non avec des élévations inexpliquées de la flore totale, incite à encourager la réalisation d’une étude comparative entre les différents types et/ou générations de BactoScan® et la technique FMAR (flore mésophile aérobie revivifiable) dans des contextes variés.

Des niveaux de flore totale faibles pour des conditions d'hygiène maîtrisées : 

• Dans nos travaux, les niveaux moyens de flore totale s’établissent en moyenne géométrique à 28 000 ufc/ml en troupeaux ovins et à 13 800 ufc/ml en troupeaux caprins. Il s'agit de résultats faibles dans l’ensemble, qui témoignent d’une maîtrise globale des conditions d’hygiène des élevages, en particulier concernant la traite, la collecte et le stockage du lait,
• Dans 80 à 85 % des cas où les résultats de qualité du lait sont détériorés (au-delà de 50 000-80 000 ufc/ml), il s'agit d'un phénomène de courte durée (moins d'un mois), d'ordre accidentel,
• Les cas d’élévations récurrente ou persistante de la flore totale recouvrent vraisemblablement des situations diverses comment tendent à le montrer les typologies réalisées sur les cinétiques d’évolution de la flore totale et des concentrations cellulaires.

Des corrélations modestes entre flore totale et concentrations cellulaires :

Des typologies ont été établies par filière, en s’appuyant sur les critères suivants : niveaux et dispersion de la flore totale et des concentrations cellulaires, fréquence et durée des périodes de dépassement persistant de seuils de concentrations cellulaires ou de flore totale définis en fonction de leur pertinence pour les filières (seuils 80 000 et 50 000 ufc/ml, de 500 000 et 3 millions de cellules/ml pour les filières ovine et caprine respectivement), existence éventuelle de dépassements conjoints pour ces critères.

• Les corrélations moyennes entre flore totale et concentrations cellulaires avoisinent 0,3 (ovins) à 0,4 (caprins) mais l’association entre ces paramètres diffère selon les classes typologiques,
• Le caractère saisonné des cinétiques est inconstant,
• Une valorisation des cinétiques d’évolution de la flore totale et/ou des concentrations cellulaires sous un angle prédictif semble possible. La définition d’indicateurs de risque ou de critères d’alerte favoriserait une plus grande réactivité dans l’élucidation et la maîtrise des problèmes rencontrés.

Des informations complémentaires à recueillir pour comprendre les mécanismes en cause

La compréhension et l’interprétation des cinétiques de flore totale nécessitent de décrire les phénomènes sous-jacents : nature des flores, pratiques d’élevage, gestion des laits (collecte, stockage, refroidissement,…). De premiers travaux ont été engagés en ce sens en région Poitou-Charentes pour les caprins. Ils mériteraient d’être complétés et étendus à la filière ovine, de manière à approfondir les notions de facteurs de risque en matière de flore totale dans le(s) contexte(s) de production français.