Développement de Méthodes Innovantes de Phénotypage 3D pour Optimiser la Prédiction du Poids des Gros Bovins – PHENO3D
Contexte
Le projet Pheno3D ambitionne de faire entrer la sélection des bovins allaitants dans le phénotypage à haut débit en s’appuyant sur la technologie non invasive qu’est l’imagerie tridimensionnelle (3D). Grâce à l’intelligence artificielle, l’automatisation de l’analyse d’image 3D est aujourd’hui possible. Les potentiels usages sont nombreux tant pour de l’évaluation morphologique, que pour le suivi d’indicateurs de conduite d’élevage (notamment le poids), mais aussi à terme pour développer de nouveaux phénotypes liés à l’efficience ou la robustesse des animaux. Ainsi à partir d’un nouveau « scanner » 3D, le projet PHENO3D vise à mettre au point un dispositif de traitement automatisé et en temps réel d’images 3D pour extraire des phénotypes utilisés dans la filière bovin viande (le poids et les notes de pointages).
A ce stade, le portique comportant les caméras 3D (scanner) a été validé. C’est-à-dire que nous nous sommes assurés de l’adaptation du portique aux chantiers de phénotypage à la ferme et à la justesse des images pour des veaux de 4 à 12 mois. Des algorithmes ont été développés pour prédire le poids vif de veaux ainsi que les notes de pointages associés aux développements musculaire et squelettique. Toutefois, le portique PHENO3D a aussi un intérêt pour prédire le poids d’animaux plus gros. Le scanner avait été développé pour un veau moyen de 350kg et trouve des limites pour des animaux plus gros [500-800 kg] ou adultes. Un nouveau scanner 3D modulable (positions et angles des caméras déplaçables) offre maintenant la possibilité de tester des réglages adaptés à différents gabarits d’animaux pour fournir les meilleures recommandations avant l’industrialisation de ce type d’outils.
Objectifs du stage
Ce stage de 6 mois s’inscrit dans le projet Phéno3D. Il propose des missions mêlant des essais terrain et de l‘analyse de données variées (images 3D, données morphologiques). Il propose également au stagiaire de faire ses premiers pas dans un réseau riche entre la filière bovin viande et les acteurs de l’Agtech : Eliance (la fédération nationale des organismes de contrôle de performances et de l’insémination animale), Race de France (la fédération nationale des organismes de sélection), 3D Ouest (un bureau d’étude spécialisé en imagerie3D)... L’objectif principal du stage sera de produire des recommandations pour le scan 3D d’animaux plus gros (>400 kg) et de codévelopper un modèle de prédiction du poids de gros bovins à partir d’images 3D. Les missions seront ajustées selon la date de début de stage ainsi que les attentes et le profil du futur stagiaire parmi :
- Littérature et échange avec les acteurs sur la pesée des bovins adultes (usage, précision nécessaire…)
- Définition d’un protocole pour tester l’effet des réglages du scanner sur la qualité des images d’animaux de différents gabarits et l’impact sur la prédiction du Poids
- Collecte de données sur le terrain (Scan d’animaux avec différents réglages de scanner sur la ferme Idele du CIRBEEF)
- Co-développement de modèle de prédiction de Poids (accompagné par des data scientists)
- Communication des résultats
Profil souhaité
Etudiant agro/agri ou M2, ayant des aptitudes à l’analyse des données et une attirance pour les nouvelles technologies, la sélection génétique et les bovins allaitants. Toutes les spécialités de M2 seront étudiées (Productions Animales, Data Science, AgroTIC etc.).
- Goût pour les essais terrains et les nouvelles technologies
- Goût pour l’analyse de données (une formation en R et un appui pour le traitement d’image sera fourni)
- Rigueur, organisation, autonomie
- Utilisation du logiciel R et de la suite Office
- Permis B + véhicule
Encadrement
Ce stage est proposé par Idele sous la responsabilité de Clément Allain et Adrien Lebreton (Idele). En plus de ces encadrants, le futur stagiaire bénéficiera d’appui ou de formation sur les aspects statistiques, zootechniques (morphologique, filière Bovin viande) proposées par des experts Idele (chefs de projet, data scientists) et les partenaires du projet (Eliance, Race de France et 3D Ouest,…).
Gratification / rémunération
- Gratification : 659,76 € / mois (brut) pour les stages supérieurs à 2 mois
- Forfait repas journalier : 5,35€ / repas (net)(à compter du 01/02/2024)
- Frais de transport domicile / travail selon règlementation en vigueur
- Frais de déplacements remboursés selon les barèmes de l’Institut de l'Elevage