[Webinaire UMT SABRE] Projet MethaRisk : Analyse de matrices environnementales complexes pour le suivi d’agents pathogènes dans le cadre d'une méthanisation collective

Le projet METHArisk (2023–2024), porté par GDS France avec l’appui scientifique de l’Anses (laboratoire Ploufragan-Plouzané-Niort et de Sophia Antipolis), et le soutien du Ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire, s’est intéressé au suivi dans les méthaniseurs collectifs de deux bactéries importantes en santé animale, Coxiella burnetii (Cb), responsable de la fièvre Q et Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map), responsable de la paratuberculose.

Il visait à explorer les enjeux sanitaires associés à la méthanisation collective d’effluents d’élevage, à travers une double approche :

• le développement d’un protocole analytique robuste,
• et l'observation descriptive de la présence de deux pathogènes environnementaux majeurs dans des méthaniseurs collectifs.

La validation de méthode : une clé pour fiabiliser les résultats

L’optimisation des étapes pré-analytiques (resuspension, homogénéisation, lyse bactérienne et extraction de l’ADN) et analytiques (PCR digitale « maison » pour Cb) ont conduit à une validation de méthode complète pour Cb et Map, assurant l’obtention de résultats quantitatifs robustes et fiables de l’ADN des deux pathogènes dans ces matrices complexes.

Ainsi une détection récurrente ou intermittente de l’ADN de Cb et MAP a été mise en évidence dans les trois matrices étudiées (fumier, digestats solide et liquide) provenant des trois méthaniseurs collectifs. Cependant aucune information sur la viabilité ou l’infectiosité des deux agents n’est disponible dans cette étude, ce qui rend difficile l’évaluation du risque réel.

Des recommandations pratiques sur le stockage et le traçage des intrants, ainsi que sur les modalités d’épandage des digestats ont été proposées et seront amenées à évoluer avec l’évolution des connaissances et la prise en compte du contexte local (Synthèse à retrouver sur le site de GDS France : https://www.gdsfrance.org/metharisk-comprendre-et-limiter-les-risques-sanitaires/). 

La connaissance des conditions favorisant et défavorisant la persistance, la virulence des souches ainsi que les modalités de dispersion demeurent lacunaires. La poursuite de recherches est donc requise pour passer d’une photographie descriptive à une évaluation du risque proportionnée et contextualisée.