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OVIGEN : une plateforme de génotypages automatisée

Publié le par Equipe Génétique Ovin Allaitant (Institut de l'Elevage)
Génomique Ovin viande
Que ce soit pour l’assignation de parenté, pour la gestion de gènes majeurs ou encore pour la mise en place d’une indexation génomique, l’accès aux informations moléculaires obtenues par génotypage se facilite grandement. Pour développer l’utilisation de ces nouveaux outils en ovins allaitants, le programme OVIGEN (2019- 2023) pose aujourd’hui les bases d’une nouvelle plateforme génomique dédiée aux ovins !

Le nombre de génotypages réalisé explose

Plusieurs Organismes et Entreprises de Sélection sont mobilisées : Ovilot, OS Romane, ROM Sélection GID et Ovitest. Plus de 30 000 génotypages ont déjà été réalisés en 2 ans, pour un total de 36 000 génotypages planifiés d’ici la fin du projet, avec des prix négociés en amont par la plateforme.

Les analyses ont d’abord été réalisées à partir de janvier 2021 sur la version v4 de la puce AgResearch (appelée aussi puce « LD » ou « basse densité »), qui comporte 18 000 marqueurs environ. Cette puce a été développée dans le cadre d’un consortium international ovin, dont l’objectif est de recenser et de partager au maximum les informations génomiques connues pour les ovins, toutes races confondues. Les outils évoluent sans cesse et intègrent de plus en plus de marqueurs, si bien que cette puce comporte aujourd’hui près de 65 000 marqueurs (version v5) pour le même prix. Disponible depuis début 2022, la nouvelle version de cette puce (mise à jour avec les dernières connaissances en matière de gènes d’intérêt) a permis de lancer les analyses dès mars 2022.

Une plateforme unique en communication avec OVALL

À partir des inventaires et des luttes enregistrées dans OVALL, la plateforme permettra d’éditer les listes d’animaux à génotyper, les agneaux pour lesquels réaliser des assignations de parenté et leurs parents potentiels, et communiquera avec les laboratoires. En retour, les résultats seront stockés dans OVALL. Les éleveurs, OS et techniciens accéderont ainsi facilement aux statuts de leurs animaux pour les gènes majeurs (homozygote porteur, hétérozygote ou non porteur) ainsi qu’aux résultats d’assignation de parenté. Les résultats de génotypage pris en charge et traités par la plateforme OVIGEN viendront alimenter OVALL. Les résultats d’assignation et les analyses de gènes d’intérêt effectués hors de ce cadre ne seront pas remontés.

Des valorisations multiples

En parallèle de la réalisation des génotypages, le système d’information est en cours développement. Actuellement les volumes limités de génotypages pouvaient encore être gérés de manière manuelle avec 3 700 génotypages au total en 2020. Les plus de 30 000 typages réalisés en 3 ans nécessitent ce transfert de fonctions à une plateforme dédiée et automatisée.

 

Organisation du système de la plateforme OVIGEN

À partir des données brutes de génotypage, la plateforme OVIGEN permettra de fournir de nombreux services et résultats :

  • Détecter la présence ou non de mutations pour les gènes d’intérêt connus aujourd’hui (tremblante, hyper-prolificité, culard, toison, etc.),
  • Prédire les résultats des mutations pour ces gènes d’intérêt sur le modèle de la Tremblante (déduction du génotype d’un agneau à partir des génotypes de ses ascendants ou reconstitution du génotype d’un parent à partir du génotype des descendants)
  • Assigner les parentés ou vérifier les filiations, puisque dès qu’un père identifié et déclaré sera génotypé le programme se déclenchera automatiquement et vérifiera la paternité avec ses descendants,
  • Proposer une indexation génomique pour les 2 schémas Lacaune et le schéma BMC dans l’objectif de mise en place d’une sélection génomique.

L’automatisation de la plateforme est testée sur l’été 2022 avec l’objectif d’être opérationnelle à l’automne 2023.