L'indexation de la prolificité chez les Lacaune Ovitest intègre l'effet du gène majeur FecL
| La valeur génétique d’un animal est la somme des effets des gènes qu’il porte et qu’il pourra transmettre à sa descendance. Ce que l’on cherche à améliorer par la sélection, c’est le fond polygénique, c’est-à-dire les gènes avec peu d’effet individuel mais qui, combinés, contribuent à améliorer le caractère. En basant le progrès génétique uniquement sur la présence d’un gène à effet majeur, on négligerait la progression du caractère chez les animaux non porteurs. |
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L’indexation a pour but d’estimer la valeur génétique d’un animal pour un caractère donné en se détachant des effets liés à l’environnement. La connaissance des index permettra ensuite de créer le progrès génétique par le biais des accouplements raisonnés.
En octobre 2019, l’indexation de la Prolificité dans l’évaluation génétique en ferme des ovins allaitants a évolué
Les schémas ci-dessous illustrent la répartition des index prolificité pour des brebis porteuses ou non de l’allèle hyperprolifique (FecLL) du gène.
| Index prolificité bruts des brebis Ovitest en fonction du génotype (avec + pour un allèle sauvage et L pour un allèle muté) selon la prise en compte ou non du gène majeur FecLL dans le calcul d’indexation. | |
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| Avec l’ancien modèle d’indexation, les brebis porteuses (L+, LL) avaient en moyenne des index prolificité supérieurs aux non porteuses. | Après correction de l’effet du gène majeur, il s’avère que les moyennes d’index (valeur génétique polygénique) par génotype sont équivalentes. |
Quel changement ?
Pour séparer l’effet du gène majeur du reste des gènes influant sur le caractère, un nouvel effet fixe a été ajouté au modèle d’indexation de la Prolificité : le génotype au gène majeur « Lacaune ».
Il y a 4 modalités pour cet effet : hétérozygote (L+), homozygote sauvage (++), homozygote muté (LL) ou donnée manquante (animal non génotypé).
Désormais, la performance prolificité est expliquée par 6 groupes de facteurs :
- la valeur génétique (dite polygénique) de l'animal ;
- l’effet du génotype au gène majeur Lacaune (ou LAC) ;
- la race du père et de la mère ;
- la valeur de l'animal non transmissible, ou "effet d'environnement permanent", résultant d'effets non identifiés, propres à l'animal, et se répétant d'une mise bas à l'autre. L'effet d'environnement permanent permet de tenir compte de l’environnement commun entre les différentes performances d’une brebis ;
- un effet d’environnement, résultant d'effets non identifiés, spécifique d'une mise bas;
- les effets de milieu*.
Pour rappel, les effets de milieu sont :
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Quel impact en Lacaune Ovitest ?
En réalité, seules les brebis Lacaune viande du schéma Ovitest nées depuis 2010 (environ 30 % des mises bas utilisées pour la dernière indexation) ont une information moléculaire pour ce gène (information obtenue par génotypage ou par prédiction en connaissant les génotypes des parents). Seuls les index Prolificité pour ces brebis et béliers Lacaune Ovitest sont impactés par ce changement de modèle.
La prise en compte du gène majeur dans l’indexation permet d’évaluer la valeur génétique polygénique des reproducteurs et de gommer ainsi la supériorité « artificielle » des performances des porteurs de FecLL par rapport aux non-porteurs due uniquement à l’effet de l’allèle.
Pour les CD, le modèle ne tient maintenant compte que des mises bas de brebis avec un génotype « LAC », ce qui a induit une diminution du nombre de mises bas considérées dans l’indexation et donc une diminution des CD.
Les schémas ci-dessous illustrent la diminution des CD, de 4 à 11 points (en fonction du génotype) pour les béliers génotypés, mais elle est de 49 points pour les béliers non génotypés. Ces béliers, âgés, n’étant plus actifs, il n’y a pas de conséquence sur le schéma Ovitest.
| CD des béliers Ovitest (avec + pour un allèle sauvage et L pour un allèle muté) | |
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Pour les brebis, la diminution sur le CD varie de 5 à 6 points selon le génotype.
| CD des brebis Ovitest (avec + pour un allèle sauvage et L pour un allèle muté) | |
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| Qu'en est il pour les autres races ? Pour les autres races (y compris la population Lacaune viande GID) indexées sur le caractère de Prolificité, cette évolution du modèle est transparente car tous les animaux indexés ont une donnée manquante pour ce gène majeur. Cela revient à estimer les valeurs génétiques sans ce nouvel effet, c’est-à-dire sans changement de modèle. |
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Et pour la suite ? Que faire des autres gènes majeurs ?
De nouveaux gènes majeurs avec un effet sur la prolificité sont régulièrement découverts. La prise en compte de ces gènes dans les évaluations génétiques nécessite de connaître le génotype des femelles, soit par génotypage, soit par prédiction si cela est possible.
La situation de chacune des races étant spécifique, il y a plusieurs étapes à réaliser en amont avant de s’engager dans une démarche de génotypage à grande échelle :
- Estimer les fréquences alléliques du gène dans la population,
- Estimer l’effet du gène sur la prolificité et les autres caractères,
- Déterminer une stratégie de gestion de ce gène au niveau de la race (fréquence désirée de l’allèle hyper-prolifique, organisation des accouplements),
- Adapter et tester le modèle d’indexation avec prise en compte du gène.
Toutes ces étapes sont à réaliser dans le cadre d’une collaboration avec l’UMT GPR et nécessitent du temps. La mise en place de plateforme génomique ovine allaitante OVIGEN sera l’occasion d’étudier l’intégration de certains gènes majeurs affectant la prolificité.
Cette publication a été réalisée dans le cadre de l'UMT GPR et a bénéficié de l'appui financier du Ministère de l'Agriculture et de la souveraineté Alimentaire.