L’effet d'effets troupeaux corrélés sur l'estimation de la composante de variance
Les effets troupeaux sont un élément important à prendre en compte dans les évaluations génétiques des bovins car les différences de climat et de pratiques de gestion influencent les résultats de production. Souvent, les effets troupeaux sont intégrés à l'effet des groupes de contemporains, généralement une combinaison troupeau-année-saison. Lorsqu'ils sont modélisés comme aléatoires, ces effets troupeaux, qui reflètent une partie des facteurs environnementaux affectant un phénotype, sont généralement supposés indépendants. Il est cependant raisonnable de supposer que les troupeaux géographiquement proches ont un certain niveau de corrélation dans leurs effets, car ils partagent des climats similaires et peuvent adopter des pratiques de gestion similaires en raison de coutumes sociales.
Des études antérieures ont montré que la prise en compte des relations spatiales entre les troupeaux dans les programmes de sélection des petits exploitants peut modéliser avec succès les effets troupeaux corrélés. Ces études ont utilisé des données couvrant une courte période de temps et, lorsque nous avons étendu l'utilisation des corrélations spatiales entre troupeaux à des ensembles de données comprenant une longue période de temps, nous avons observé une explosion des estimations de la composante de variance des effets troupeaux. La raison la plus probable d'une telle augmentation est que, lorsque les troupeaux présentent de nombreuses années de données, une corrélation intra-troupeau se construit et différents troupeaux peuvent avoir des niveaux de corrélation intra-troupeaux différents.
Les corrélations spatiales ignorent cette composante longitudinale, et nous avons observé que le fait de considérer des corrélations inter-troupeaux sans tenir compte des corrélations intra-troupeaux entraîne une forte surestimation de la composante de variance pour les effets troupeaux corrélés. Ainsi, la composante longitudinale doit également figurer dans la matrice de corrélation spatiale pour modéliser correctement les effets troupeaux.
