La race Prim’Holstein va intégrer la parenté dans l’ISU
L’ISU, le critère global de sélection qui résume les objectifs de sélection de la race
L’ISU (Index de synthèse Unique) d’une race traduit ses objectifs de sélection, et il est défini par les Organismes de Sélection (OS). Il évolue dans le temps en fonction des critères disponibles pour la sélection (lait, morphologie, cellules, mammites etc …) mais également avec les changements du contexte socio-économique.
La race Prim’Holstein est la première race bovine laitière présente en France, en termes d’effectif (2 100 000 vaches présentes au 1er janv 2024). Ses objectifs de sélection ont évolué régulièrement dans le temps, avec différentes définitions de l’ISU (cf. Figure 1).
Figure 1 : Evolution de la composition de l’ISU de la race Prim’Holstein (source OBGENO)
Si la production laitière entrait pour 75% dans l’ISU de 1986, le groupe production est aujourd’hui intégré à hauteur de 37%, et sous forme d’une synthèse laitière, laissant ainsi la place à d’autres caractères, principalement de santé comme la santé de la mamelle, la reproduction ou la santé des pieds.
La dernière évolution date d’avril 2024, avec la santé des pieds qui entre dans l’ISU de la race Prim’Holstein
La race Prim’Holstein a récemment intégré les lésions podales dans son ISU (cf. Figure 2), l’indexation de la santé des pieds devenant accessible. Les prochaines étapes sont prévues pour avril 2026, avec l’ajout de l’acétonémie et la prise en compte de nouveaux indicateurs que sont les gènes d’intérêt (dont on a les informations via le génotypage) et la parenté.
Figure 2 : Composition de l’ISU, en avril 2024 (Note IBL 2024-2)
La parenté dans l’ISU pour infléchir la pente d’augmentation de la consanguinité
Aujourd’hui, la consanguinité moyenne des vaches est en augmentation (cf Figure 3), cette situation s’étant accélérée depuis la mise en place de la sélection génomique (autour de 2010-2013), avec une pente qui est plus importante. C’est pourquoi la race Prim’Holstein a la volonté de mettre la parenté dans ses objectifs de sélection, pour sélectionner des animaux génétiquement moins apparentés. En effet, plus les animaux sont apparentés et plus il y a de naissances d’individus consanguins, renforçant l’augmentation du taux de consanguinité moyen de la race.
Figure 3 : Coefficient de consanguinité moyen
par année de naissance des femelles,
en race Prim’Holstein (source OBGENO)
Le choix des indicateurs moléculaires pour mesurer la parenté à intégrer dans l’ISU
L’étude pour intégrer la parenté est en cours, au sein de l’UMT eBis. La première étape a été de définir le critère qui sera utilisé pour mesurer la parenté. Les Organismes de Sélection ont choisi comme indicateurs ceux issus des données de génotypage, les ORI (indicateur d’originalité). Ils sont plus précis que les indicateurs basés sur le pedigree, car les données moléculaires sont capables de discriminer 2 pleines sœurs sur leur originalité par rapport à une population donnée, ce que ne peut pas faire la parenté basée sur les données généalogiques. Avec cet indicateur, un animal avec des gènes peu répandue apparaitra ainsi plus original que les autres et aura par conséquent un ORI plus élevé.
Un nouveau calcul de parenté développé pour les femelles non génotypées
L’étape suivante a été de pouvoir qualifier l’originalité des animaux non génotypés. Un nouveau calcul a été développé pour cela, afin d’obtenir les coefficients de parenté pour des animaux qui n’en n’avaient pas : les femelles non génotypés et les taureaux étrangers dont le génotypage n’est pas disponible (cf. Figure 4). Ce calcul est basé sur les pedigrees. Pour permettre leur intégration dans la formule d’ISU, ces coefficients de parenté sont « convertis » pour les rendre comparables aux indicateurs basés sur les informations moléculaires (ORI). Des abaques de conversion seront mis à disposition des utilisateurs.
Figure 4 : Distribution des coefficients de parenté pour les femelles ayant (ou qui auront) un ISU, avec au moins un équivalent de 4 générations connues (ngen)
Transfert à GenEval en cours, pour une mise en application en avril 2026
Les principes généraux ont été définis, les chaines de calcul ont été réalisées, et les transferts des programmes vers l’organisme GenEval en charge des évaluations génétiques est en cours. Les choix des pondérations à mettre sur la parenté sont également en cours de test, et différentes versions d’ISU seront étudiées avant le choix définitif et la mise en application en avril 2026.
