Valoriser les prédictions de profil d’acide gras, caséines, urée et minéraux du lait de brebis obtenues à partir des spectres MIR du lait collectés dans le cadre du contrôle laitier

Contexte et enjeux

Dans le cadre du contrôle laitier officiel ovin, environ 330000 échantillons de lait sont prélevés tous les ans afin de déterminer les taux de matière grasse (TB) et de protéine (TP) et les comptages de cellules somatiques du lait. Dans les 5 races Lacaune, Manech tête noire et tête rousse, Basco-Béarnaise et Corse, les spectres en moyen infra rouge (MIR) produits dans les laboratoires d’analyses laitières et servant à prédire le TB et le TP sont systématiquement stockés depuis 2020 dans la base de données SIEOL. Parallèlement, de nombreux projets ont été menés ou sont en cours (notamment le projet CASDAR CLIMONUT) pour produire des équations permettant de prédire différents composants fins du lait tels que les profils d’acide gras, les caséines, l’urée, les minéraux, mais aussi des phénotypes plus complexes (dynamique des réserves corporelles, émissions de méthane dans un futur proche). Ces équations, basées sur la mise en relation de spectres MIR standardisés avec des analyses de référence, dites Gold Standard, sont désormais disponibles et applicables à l’ensemble des spectres MIR disponibles en ovin lait. La connaissance fine des profils d’acide gras, des caséines et de l’urée, voire des minéraux ouvre des perspectives sur le plan du conseil en élevage (alimentation, état sanitaire du troupeau) et sur des usages possibles en génétique (par exemple sélection pour améliorer le taux de caséines plutôt que le TP). Il s’agit au cours du stage de valoriser les différentes prédictions MIR (domaine de validité des prédiction, évolutions dans le temps, variabilité entre troupeau, variabilité individuelle pouvant déboucher sur une analyse de paramètres génétiques).

Objectifs et missions

Les objectifs et missions du stage consisteront à :

1. Réaliser une analyse descriptive des prédictions disponibles (plus de 2 millions de lait, sur 7 ans, faisant l’objet d’environ 40 prédictions de composants du lait) sur les 5 races de brebis laitières suivies en contrôle laitier. Il s’agira en outre d’établir des règles pour filtrer les données afin d’éliminer les prédictions qui semblent hors du domaine de validité.
2. Réaliser une valorisation statistique en lien avec les facteurs zootechniques. Etablir s’il y a une évolution au cours du temps (en lien avec les évolutions laitières permises par les gains génétiques), estimer la variabilité entre troupeau, entre rang de mise-bas (possible en race Lacaune), entre stade de lactation. Selon l’avancement du travail, une première valorisation génétique pourra être réalisée sur quelques composants fins parmi les plus importants.
3. Établir des "recommandations" en matière de gestion des composants fins en élevage ovin lait (prenant en compte l’ensemble des leviers d’actions y compris l'amélioration génétique)

Profil souhaité

• Stage Master2 d’école d’ingénieur agro ou agri
• Maitrise des outils classiques de bureautique : Word, Excel, Powerpoint,
• Goût pour le travail d’équipe, la relation avec le terrain, l’analyse de données
• Aptitudes à la synthèse.
• Permis B et véhicule souhaités.