Les index Single-Step sont de bons prédicteurs des performances en bovins allaitants
L’étude des liens entre index Single-Step et performances futures démontre la pertinence de cette nouvelle évaluation
Les données utilisées
L’analyse des relations entre les index Single-Step des animaux (mâles ou femelles) et leurs performances propres ou celles de leurs descendants porte sur des animaux nés lors des campagnes de naissance 2018 à 2020 évalués selon la nouvelle méthodologie Single-Step finalisée et validée sur l’indexation IBOVAL du traitement 2023_02 (hiver 2023).
L’étude a été réalisée pour les bovins allaitants sur les performances propres de l’animal pour les indexations naissance, croissance jusqu’au sevrage et pointage au sevrage (caractères : conditions de naissance (CN), poids de naissance (PN), tour de poitrine à la naissance (TP), poids à 4 (P4) et 7 mois (P7), développement musculaire au sevrage (DM), développement squelettique au sevrage (DS) et la grosseur des canons (GC) au sevrage). Ces données sont récoltées très tôt dans la vie de l’animal. Ces mêmes caractères, à l’exception de ceux relatifs à la morphologie, ont été utilisés pour l’appréciation des aptitudes maternelles. Cela nécessite que l’animal soit né et élevé jusqu’au vêlage et sevrage du premier veau de la génération suivante.
Pour illustrer, le graphique suivant indique le moment où les performances sont collectées durant la vie de l’animal (performances propres et celles des descendants).
L’analyse des relations entre les index Single-Step des animaux et leurs performances a été divisée en deux études selon le type d’effets génétiques (directs ou maternels) de l’index analysé. En effet, la performance n’est pas collectée au même stade de vie de l’animal suivant l’analyse. Il a donc été choisi :
- Pour les index d’effets directs, d’analyser les performances des animaux mâles ou femelles des campagnes de naissance 2019 et 2020 génotypés et de les comparer à leur index d’effet direct sans prise en compte de leur performance propre (index prédit grâce au seul génotypage) ;
- Pour les index d’effets maternels, d’analyser les performances des veaux des mères nées lors de la campagne 2018 et de les comparer aux index d’effets maternels de ces mêmes mères, qu’elles aient été génotypées ou pas.
Pour ce faire, GenEval a tout d’abord produit une évaluation génétique IBOVAL en ferme Single-Step (référence de traitement 2023_02) stabilisée, c’est-à-dire comportant toutes les évolutions méthodologiques prévues dans le cadre du programme UniGéno . GenEval a ensuite retiré toutes les performances d’animaux nés après le 1er août 2018 pris en compte dans ce traitement et a relancé une évaluation Single-Step de type « n-5 » en termes de performances prises en compte. Ces index produits correspondent à ceux qui auraient été calculés dès les premiers jours de vie des animaux nés lors des campagne 2019 et 2020 (sans prise en compte des performances propres) pour la première analyse sur les effets directs et à ceux qui aurait été calculés dans la première année des femelles de la campagne 2018 (avec prise en compte des seules performances propres) pour la seconde analyse sur les effets maternels.
Les performances et événements utilisés pour l’étude sont ceux enregistrés dans la base de données nationales SIG en 2023 et utilisés pour l’évaluation génétique : certification de la parenté des bovins et contrôle de performances viande. Les performances mises en relation sont des performances brutes, telles qu’elles sont vues par les éleveurs dans leurs troupeaux, avec toutes les différences de situations parmi ces troupeaux. Elles dépendent aussi d’autres facteurs que la génétique, dont l’influence est variable selon les caractères, les aptitudes maternelles étant plus difficiles à appréhender.
A noter que la part de la génétique dans l’expression d’un caractère est égale à l’héritabilité du caractère, c’est-à-dire que pour un caractère direct comme le Poids à âge type à 4 mois en race Limousine avec une héritabilité de 0,30, 30% des variations observées entre les individus sont expliquées par la génétique, les 70% restant sont expliquées par l’effet d’élevage et d’environnement.
Illustration des liens entre index Single-Step et performances
Les résultats présentés concernent les trois grandes races aujourd’hui évaluées à partir des indexations génomiques, soit la Blonde d’Aquitaine, la Charolaise et la Limousine. Les animaux étudiés ont été regroupés par classe d’index et à chaque classe est associée la performance brute moyenne du groupe.
Ci-après sont présentés 3 exemples de résultats de l’étude. L’ensemble de l’analyse de chacune des races est disponible dans le document joint à cet article.
Blonde d'Aquitaine - Condition de naissance - effet direct
L’analyse de caractère porte sur la comparaison des index Single-Step d’effets directs des animaux nés lors des campagnes 2019 et 2020 (prédiction de la valeur génétique de ces veaux seulement à l’aide des informations d’ascendance et de génotypage) avec la performance connue de ces mêmes animaux prise en compte dans les indexations en 2023 (c’est-à-dire leur note de condition de naissance). CONNAI_dir est l’index élémentaire qui a le plus de poids dans la constitution de l’index de facilité de naissance (IFNAIS).
Les données ont pu être découpées en 5 classes d’index allant de la classe « <=90 pts » à la classe « >=105 pts ». Sur chacune des classes, il est distingué la proportion de chaque notation des conditions de naissance.
Il est observé que la note de 1 (naissance facile) est majoritaire et représente entre 62 et 89% selon les classes. Néanmoins, on remarque que plus la proportion de notes défavorables diminue, passant de 37,3% de notes 2 à 4 à 25,2% pour les veaux mâles, plus le niveau de l’index est favorable (il augmente. A noter que les femelles ont une proportion plus faible de notes 2 à 4 par rapport aux mâles. La condition de naissance étant très liée au poids de naissance et au sexe du veau, cette observation est cohérente. En conclusion, plus l’index Single-Step est élevé, meilleure sera sa condition de naissance. L’index estimé à la naissance prédit correctement sa performance.
Limousine - Poids à âge type 210 jours - effet direct
L’analyse porte sur la comparaison des index Single-Step d’effets directs des animaux nés lors des campagnes 2019 et 2020 (prédiction de la valeur génétique de ces veaux seulement à l’aide des informations d’ascendance et de génotypage) avec les performances connues de ces mêmes animaux prise en compte dans les indexations en 2023. L’effet direct du poids à âge type 210 jours est l’index élémentaire qui a le plus de poids dans la constitution de l’index potentiel de croissance au sevrage (CRsev).
On distingue 6 classes d’index de « <=90 » à « >110 » avec des moyennes de performances significativement distinctes entre elles. La hiérarchie des animaux est respectée, plus l’index est élevé, plus le poids à 210 jours l’est. On note un écart moyen de 50 kg entre les animaux des deux classes extrêmes.
Charolaise – Poids à âge type 120 jours - effet maternel
Ici, il est observé la relation entre l’index effet maternel des mères nées lors de la campagne 2018 (génotypées ou non) avec les performances de leurs veaux. L’effet maternel du poids à âge type 120 jours est l’index élémentaire constitutif de l’aptitude à l’allaitement (ALait) dans cette race.
Le découpage en classes d’index des mères est là de « <=95 pts » à « >110 pts ». Pour chacune des classes d’index a été calculée une moyenne de performances de leurs veaux allant qui vont de 173 à 183 kg.
L’écart observé entre les deux classes extrêmes est estimé à 10,5 kg pour les veaux issus des mères avec un index >110 contre ceux issus des mères avec un index <=95.
