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Bibliographie disponible en 2018

Publié le par Jean-Michel Astruc (Institut de l'Elevage), Diane Buisson (Institut de l'Elevage)
Génomique Evaluations et index Ovin lait
Dans le domaine de la sélection génomique, les principales publications en lien avec la sélection génomique des ovins laitiers en France sont les suivantes:
  • Astruc J.M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarra A., Moreno-Romieux C., Rupp R., Barillet F., 2010. Use of Genomic Data in French Dairy Sheep Breeding Programs: Results and Prospects. ICAR Technical Series n°14. Proceedings of the 37th ICAR session, Riga, Latvia (31 May – 4 June 2010).

 

  • Astruc J.M., Baloche G., Larroque H., Beltran de Heredia I., Labatut J., Lagriffoul G., Moreno C., Robert-Granié C., Boscher M.Y., Chantry-Darmon C., Aguerre X., Boulenc P., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Panis P., Soulas, Barillet F., Legarra A., 2012. La sélection génomique des ovins laitiers en France : stratégie, premiers résultats des évaluations génomiques et perspectives. Renc. Rech. Ruminants (2012), 19

 

  • Astruc J.M., Baloche G., Barillet F., Legarra A., 2014. Genomic evaluation validation test proposed by Interbull is necessary but not sufficient because it does not check the correct genetic trend. 39th ICAR session (2014). Berlin, Allemagne.

 

  • Astruc J.M., Baloche G., Buisson D., Labatut J., Lagriffoul G., Larroque H., Robert-Granié C., Legarra A., Barillet F., 2016. La sélection génomique des ovins laitiers en France. In : Brebis laitières en France : 50 ans de recherche et développement. Barillet F., Hassoun P., Astruc J.M., Lagriffoul G., Morin E. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 29, 153-156.

 

  • Baloche G., Larroque H., Astruc J.M., Babilliot J.M., Boscher M.Y., Boulenc P., Chantry-Darmon C., de Boissieu C., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Lagriffoul G., Moreno C., Panis P., Robert-Granié C., Sallé G., Legarra A., Barillet F, 2011. Work in progress on genomic evaluation using GBLUP in French Lacaune dairy sheep breed. 62nd Annual Meeting of the EAAP, Stavanger, Norway. Book of Abstracts.Wageningen Academic Publishers. 2011. 529 p.

 

  • Baloche G., Larroque H., Astruc J.M., Babilliot J.M., Boscher M.Y., Boulenc P., Chantry-Darmon C., de Boissieu C., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Lagriffoul G., Moreno C., Panis P., Robert-Granié C., Sallé G., Legarra A., Barillet F., 2012. Comparison of genomic evaluation in Lacaune dairy sheep using single or multiple step GBLUP. 63rd Annual Meeting of the EAAP, Bratislava, Slovakia. Book of Abstracts.Wageningen Academic Publishers. 2012. 476p.

 

  • Baloche G., Legarra A., Sallé G., Larroque H., Astruc J.M., Robert-Granié C., Barillet F., 2014. Assessment of accuracy of genomic prediction for French Lacaune dairy sheep. Journal of Dairy Science (2014), Vol. 97, Issue 2, p1107–1116

 

  • Baloche G., Astruc J.M., Boulenc P., Giral-Viala B., Guibert P., Panis P., Legarra A., Barillet F., 2014. Genomic selection experiment in Lacaune dairy sheep: progeny test results of rams initially selected either on parent average or on genomic prediction. In: Proc. World Congr. Genet. Appl. Livest. Prod., Vancouver, Canada, 335.

 

  • Baloche G., Astruc J.M., Boulenc P., Giral-Viala B., Guibert P., Panis P., Legarra A. and Barillet F., 2014. Genomic selection experiment in Lacaune dairy sheep: progeny test results of rams initially selected either on parent average or on genomic prediction. 10th WCGALP (2014), Vancouver, p335

 

  • Barillet F., Carta A., Allain D., Amigues Y., Bodin L., Casu Sara, Cribiu E.P., Bed-Hom B., Boichard D., Boscher M.Y., Elsen JM., Fraghi A., Gruner L., Jacquiet P., Ligios S., Marie-Etancelin C., Mura L., Piredda G., Roig A., Rupp R., Sanna S.R., Scala A., Schibler L., Sechi T., Casu S., 2003. Détection de QTL influençant des caractères d’importance économique présente ou à venir en ovins laitiers en France et en Italie. Renc. Rech. Ruminants (2003), 10.

 

  • Barillet F., Baloche G., Lagriffoul G, Larroque H., Robert-Granié C., Legarra A., Astruc J.M., 2012. Genomic selection in French Lacaune and Manech dairy sheep breeds: comparison of BLUP and GBLUP accuracies. Proc. 38ème session d’ICAR, Cork, Irlande. ICAR.

 

  • Barillet F., Baloche G., Buisson D., Lagriffoul G., Aguerre X., Boulenc P., Fidele F., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Panis P., Soulas C., Robert-Granié C., Larroque H., Legarra A., Astruc J.M., 2014. Sélection génomique en ovins laitiers en France : principaux résultants et conception pour la mise en place de schémas de sélection génomique. Renc. Rech. Ruminants (2014), 21

 

  • Barillet F., Astruc J.M., Baloche G., Buisson D., Lagriffoul G. et al, 2014. Genomic selection in French dairy sheep: main results and design to implement genomic breeding schemes. 39th ICAR session (2014). Berlin, Allemagne.

 

  • Barillet F., Lagriffoul G., Marnet P.G., Larroque H., Rupp R., Portes D., Bocquier F., Astruc J.M., 2016. Objectifs de sélection et stratégie raisonnée de mise en œuvre à l’échelle des populations de brebis laitières françaises. INRA Prod. Anim., 2016, 29 (1), 19-40

 

  • Buisson D., Astruc J.M., Baloche G., X. Aguerre, P. Boulenc, F. Fidelle, G. Frégeat, B. Giral-Viala, P. Guibert, P. Panis, F. Barillet, 2013. Assessment of technical and economic efficiency of French dairy sheep genomic breeding programs. Nantes EAAP Book (2013), Abstacts p369, Nantes, France, 2013

 

  • Buisson D., Lagriffoul G., Baloche G., Aguerre X., Boulenc P., Fidelle F., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Panis P., Soulas C., Astruc J.M., Barillet F., 2014. Genomic breeding schemes in French Lacaune and Manech dairy sheep: design and expected genetic gain. In: Proc. World Congr. Genet. Appl. Livest. Prod., Vancouver, Canada, 898.

 

  • Buisson D., Lagriffoul G., Boulenc P., Danflous P., Fidelle F., Frégeat G., Giral-Viala B., Guibert P., Pichereau F., Soulas C. and Astruc J.M., 2018. First results of genomic selection in French Lacaune dairy sheep breed. In: Proc. World Congr. Genet. Appl. Livest. Prod., Auckland, New Zealand.

 

  • Buisson D., Astruc J.M., Barillet F., 2018. Bilan et perspectives de la gestion de la variabilité génétique des ovins laitiers en France. INRA Prod. Anim. 2018, 31 (1), 1-12

 

  • Duchemin, S. I., C. Colombani, A. Legarra, G. Baloche, H. Larroque, J. M. Astruc, F. Barillet, C. Robert-Granié, and E. Manfredi. 2012. Genomic selection in the French Lacaune dairy sheep breed. J. Dairy Sci. 95:2723–2733.

 

  • Labatut J., Astruc JM., Barillet F., Boichard D., Ducrocq V., Griffon L., Lagriffoul G., 2014. Implications organisationnelles de la sélection génomique chez les bovins et ovins laitiers en France : analyses et accompagnement. INRA Prod. Anim., 2014, 27(4), 303-316.

 

  • Larroque H., Barillet F., Baloche G., Astruc J.-M., Buisson D., Shumbusho F., Clément V., Lagriffoul G., Palhiere I., Rupp R., Carillier C., Robert-Granie C., Legarra A., 2014. Toward genomic breeding programs in French dairy sheep and goats. In: Proceedings of the 10th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production (p. 1-6). Vancouver, 332.

 

  • Larroque H., Chassier M., Saintilan R., Astruc J.-M. 2017. Imputation accuracy from a low density SNP panel in 5 dairy sheep breeds in France. 68th Annual Meeting of the EAAP, Talinn, Estonia. Book of Abstracts.Wageningen Academic Publishers. 2017. 514 p.

 

  • Legarra A., Baloche G., Barillet F., Astruc J.M., Soulas C., Aguerre X., Arrese F., Mintegi L., Lasarte M., Maeztu F., Beltran de Heredia I., Ugarte E., 2014. Within- and across-breed genomic predictions and genomic relationships for Western Pyrenees dairy sheep breeds Latxa, Manech, and Basco-Béarnaise. Journal of Dairy Science (2014), Vol. 97, Issue 5, p3200–3212

 

  • Rupp R., Senin P., Sarry J., Bouchez O., Foucras G., Tosser-Klopp G., 2013. Fine mapping of a QTL for mastitis resistance on OAR3 in Lacaune dairy sheep. Nantes, EAAP Book Abstracts, p597.

 

  • Shumbusho, J. Raoul, J.M. Astruc, I. Palhière, J.M. Elsen, 2013. Potential benefits of genomic selection on genetic gain of small ruminant breeding programs. J. Anim. Sci. (2013). 91:3643-3656

 

 

Principales publications relatives au package BLUPF90

 

  • Aguilar I., Misztal I., Johnson D.L., Legarra A., Tsuruta S., and Lawlor T.J.. 2010. Hot topic: A unified approach to utilize phenotypic, full pedigree, and genomic information for genetic evaluation of Holstein final score. J. Dairy Sci. 93:743–752.

 

  • Aguilar, I., Misztal I., Legarra A., and Tsuruta S. 2011. Efficient computation of the genomic relationship matrix and other matrices used in single-step evaluation. J. Anim. Breed. Genet. 128:422-428.

 

  • Legarra, A., Aguilar I., and Misztal I. 2009. A relationship matrix including full pedigree and genomic information. J. Dairy Sci. 92:4656–4663.

 

  • Legarra, A. and Ducrocq V. 2012. Computational strategies for national integration of phenotypic, genomic, and pedigree data in a single-step best linear unbiased prediction. J. Dairy Sci. 95:4629-4645.

 

  • Misztal, I., Tsuruta S., Stabel T., Auvray B., Druet T., and Lee D.H.. 2002. BLUPF90 and related programs (BGF90). Commun. No. 28-07. In: Proc. 7th World. Congr. Genet. Appl. Livest. Prod., Montpellier, France.

 

  • Misztal, I., Tsuruta S., Aguilar I., Legarra A., VanRaden P.M., and Lawlor T.J.. 2012. Methods to approximate reliabilities in single-step genomic evaluation. J. Dairy Sci. 96:647–654.
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