Bilan de variabilité génétique à partir des données de généalogies

Chaque année, IDELE met à jour les indicateurs de variabilité génétique construit à partir des données de généalogies. L'avantage des généalogies est qu'elles permettent une évaluation de la situation pour l'ensemble de la population, alors que les génotypages restent ciblés à un sous ensemble animaux - surtout en races allaitantes. Ils sont par ailleurs quasiment inexistants pour les races à petits effectifs.

Cela permet de suivre l’évolution des principaux critères de mesures de la variabilité génétique pour la population analysée (femelles nées lors des 4 dernières années, et leur père, mâles d’insémination) : éléments de suivi démographique des populations (croissance, pyramide des âges… ), intervalle de générations, qualité des généalogies des populations analysées (nombre moyen de générations remontées, évolutions du pourcentage d’ancêtres connus par génération et sexe… ), critères issus de la probabilité d’origine des gènes (nombre de fondateurs, ancêtres efficaces,  nombre d’ancêtre expliquant 50% des gènes…), critères issus de la probabilité d’identité des gènes (consanguinité moyenne, parenté, taille efficace …)

Quelques chiffres : 

Le bilan complet des races bovines laitières est disponible en bas de la page, sous forme de document pdf téléchargeable.

Le nombre de générations connues permet de mesurer la qualité de l’information généalogique disponible. Plus l’indicateur est haut, plus la consanguinité calculée peut être considéré comme fiable. Pour être publiés, les rapports doivent dépasser le seuil de 2.5 générations connus. Dans les races analysées en bovin lait, cet indicateur est compris entre 6 (chez la Jersey) et 11.5 (chez la Normande). Les races Montbéliarde, Normande, Pie Rouge et Prim’Holstein dépassent les 10 générations connues en moyenne.

La consanguinité moyenne varie entre 1.6% et 5.7% selon les races. La consanguinité sur 3 générations ou consanguinité proche, qui est la plus problématique, reste très faible, entre 0.08% et 0.37%, ce qui est la preuve que les éleveurs suivent les propositions d’accouplements raisonnés. Le nombre d’ancêtres efficaces varie de 12 (en Abondance) à 44 (en Jersey). Globalement les races internationales, exceptée la Prim’Holstein, ont un nombre d’ancêtres efficaces supérieurs aux autres, probablement du fait des flux de gènes avec l’étranger. Les races Jersey et Simmental Française sont les 2 races qui ont augmenté leur nombre d’ancêtres efficaces, les autres étant restés stables. Ce point positif reste à pondérer par la connaissance des généalogies dans ces races : cela peut être dû à un artefact, avec l’arrivée de nouveaux animaux sans généalogies connues au-delà des grands parents.

En race Prim Holstein, comme l’an passé, l'influence de O MAN JUST et SHOTTLE continue de croitre depuis leur apparition dans la liste des ancêtres majeurs de la race.

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