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L’UMT de génétique bovine renouvelée pour 5 ans

Publié le par Julie Promp (Institut de l'Elevage)
l’UMT eBIS apporte depuis 2006 les connaissances et outils nécessaires à la sélection et à la gestion des populations bovines. Pour la quatrième fois, le Ministère de l’Agriculture a labellisé le programme de recherche et développement de ce partenariat entre l’INRAE, Idele et Allice.

Un programme R&D pour répondre aux enjeux de demain

En 2021, l’Unité Mixte Technologique (UMT) eBIS, pilotée par INRAE, Idele et Allice, soumettait au Ministère de l’Agriculture son programme de recherche et développement en génétique bovine pour 2022-2026. Ce nouveau programme va poursuivre les efforts déjà fournis pour améliorer les connaissances scientifiques, ainsi que les approches et les outils permettant de sélectionner et gérer les populations bovines. Il a également pour ambition d’accompagner les acteurs de la sélection pour que les futures populations bovines soient adaptées aux enjeux de demain : des animaux efficients dans des systèmes de plus en plus diversifiés et résilients face aux perturbations sanitaires ou environnementales.

Le Ministère de l’Agriculture a labellisé ce projet qui s’organise autour de trois pôles thématiques : à l’échelle du génome, de l’animal et de la population

Des génomes mieux connus

L’UMT contribuera à améliorer les outils et approches permettant d’exploiter les données de séquence et de génotypage.

Par exemple, grâce au projet SeqOccin, le génome de près de 600 bovins de 14 races françaises différentes sera séquencé, dont une partie par une nouvelle approche (long read) qui permet notamment de caractériser les variants structuraux (c’est-à-dire la fraction du génome présente chez certains individus ou populations et absente d’autres).

Ces nouvelles sources d’information viendront alimenter les travaux menés dans ce pôle thématique tels que la description de la diversité génétique, l’étude de l’expression des gènes et des relations entre génétique et épigénétique (méthylation de l’ADN).

Au-delà de la production des connaissances nouvelles dans un domaine de front de science, les résultats de ces travaux à l’échelle du génome seront utilisés pour analyser le déterminisme génétique de nouveaux caractères et pour améliorer les méthodes de prédiction génomique.

Des animaux mieux adaptés à la transition écologique

Les travaux de l’UMT porteront en priorité sur les caractères liés au contexte de la transition écologique et aux attentes sociétales :

  • santé,
  • robustesse,
  • efficience alimentaire,
  • adaptation au changement climatique,
  • qualité des produits,
  • anomalies génétiques.

Les nouveaux phénotypes permis par l’élevage de précision seront exploités pour explorer le déterminisme génétique de ces aptitudes jusqu’aux variants génétiques responsables et aux réseaux de gènes impliqués. L’évolution de ce déterminisme en fonction du milieu sera également étudiée.

Par exemple, le projet METHABREED a pour but d’utiliser les spectres MIR pour prédire la production de méthane des animaux. Ce phénotype sera ensuite étudié pour mieux en connaître les facteurs de variation ainsi que la part de ces variations liée à la génétique, identifier les régions du génome concernées et construire un modèle d’évaluation génomique.

Les connaissances et outils acquis grâce à l’étude du génome ainsi que les méthodes de prédictions génomiques développées à l’échelle des populations seront intégrées dans ces travaux.

Des populations gérées grâce à des méthodes plus précises

Les méthodes de prédiction du potentiel génétique des animaux seront améliorées que ce soit par l’exploitation de nouvelles sources d’information - issues des études du génome par exemple - par l’estimation d’effets complexes ; valeur en croisement, interactions génétique x milieu, … ou par la conception de logiciels mettant en œuvre ces approches, applicables à de grandes populations et transférables dans un environnement de production.

L’UMT élaborera également des recommandations et des outils de gestion des populations pour des schémas de sélection durables, capables de concilier progrès et diversité génétiques. Pour cela, les études tourneront autour des outils de mesure et de pilotage de la diversité et du fardeau génétique ; dans le cadre du projet RUMIGEN par exemple.

Les objectifs de sélection ainsi que des plans d’accouplements, tant pour les programmes de sélection qu’intra troupeau, seront également abordés.
Ces travaux se nourriront des avancées dans la connaissance du génome et du déterminisme génétique des caractères mais fourniront aussi aux autres pôles thématiques un soutien méthodologique dans l’analyse des données phénotypiques ou génomiques.