Dossiers et publications Détail article 

Facteurs d'érosion des évaluations génétiques

Publié le par Didier Boichard (INRAE), Sophie Mattalia (Institut de l'Elevage)
L’utilisation d’informations génomiques dans les évaluations génétiques est reconnue comme un élément essentiel pour améliorer la précision des résultats. Pour autant, ce type d’évaluations se heurte très souvent à un phénomène de surestimation des valeurs génétiques des meilleurs jeunes animaux sans performances, ce qui peut conduire à de fortes déceptions lorsque des animaux commencent à avoir leurs premières performances. Pour pallier ce problème, la plupart des pays introduisent dans leur modèle une « part d’information polygénique résiduelle », ce qui revient à diminuer le poids des informations génomiques au profit de l’ascendance. Cependant, il ne s’agit là que d’un palliatif, qui limite encore bien souvent le déploiement d’évaluations de type Single Step. Et jusqu’à présent, aucune explication n’avait été établie pour expliquer la surestimation constatée.

Les travaux conduits dans l’équipe de l’UMT eBIS ont permis de démontrer que la surestimation des index génomiques des jeunes animaux s’expliquait par l’association à grande distance sur le génome entre les marqueurs et les gènes responsables d’une part de la variabilité génétique d’un caractère. En effet, la structure même de la population bovine, avec un nombre de pères relativement réduit par génération, génère des associations entre zones du génome éloignées, pouvant même être situées sur des chromosomes différents. Dans ce contexte, ces associations à grande distance entre les marqueurs et l’expression des caractères ne sont pas transmises à la génération suivante, ce qui diminue la précision des estimations effets des marqueurs. C’est pourquoi une nouvelle approche a été mise au point, pour introduire dans les évaluations un « facteur d’érosion » appliqué individuellement à chaque animal génotypé et sans performances. Ce facteur est d’autant plus fort que les individus sont éloignés de la population de référence (animaux génotypés et avec phénotypes). Il permet de tenir compte de la diminution de la précision des effets des marqueurs et d’ainsi éviter la surestimation des meilleurs animaux. L’article présente deux méthodes permettant de calculer les paramètres associés à ce facteur d’érosion et à intégrer dans une évaluation génomique.

Des facteurs d’érosion ont été introduits dans toutes les évaluations génomiques Single Step mises en œuvre en France pour les bovins laitiers depuis 2022, et il en sera de même fin 2024 en bovins viande, lorsque les index Single Step seront diffusés.

Consulter la présentation

Consulter l'article complet