Evolution des évaluations génomiques des petits ruminants
Chez les petits ruminants laitiers, qu’il s’agisse d’ovins ou de caprins, des index génétiques sont régulièrement calculés pour différents caractères de production, de morphologie mammaire, de santé de la mamelle ou encore de fertilité à l’IA. Depuis quelques années, ces évaluations intègrent des données génomiques grâce au génotypage des animaux à l’aide de puces à ADN, en utilisant le ssGBLUP du package BLUPf90 de l’Université de Georgia (USA). Pour les ovins allaitants, des index polygéniques (sans information génomique) sont fournis pour des caractères liés à la croissance des animaux, à la prolificité ou encore aux qualités maternelles.
Un nouveau logiciel pour des évaluations optimisées
Dans la filière bovine laitière, le passage à l’évaluation en Single Step a conduit au développement du logiciel HSSGBLUP (Hybrid Single Step Genomic Best Linear Unbiased Prediction), capable d’intégrer simultanément les performances et les données génomiques (Tribout et al., 2020).
Le projet EVOGENO (Action innovante FGE, 2023-2025), qui s’achève à la fin de l’année, avait pour objectif d’adapter ce logiciel aux petits ruminants. Cette évolution a pour but de simplifier la maintenance et d’assurer une meilleure pérennité des chaînes d’évaluation génétique.
Des évaluations plus précises
Le nouveau logiciel contribue à améliorer la fiabilité des index, en particulier pour les animaux génotypés mais ne disposant ni de performances propres ni de descendants.
L’évaluation génomique repose sur une population de référence, composée d’animaux génotypés et évalués directement ou via leurs descendants. À partir de cette population, des équations de prédiction sont établies et appliquées à une population candidate, qui possède un génotype mais pas encore de performances. Pour que ces prédictions soient fiables, il est essentiel que les populations de référence et candidates soient suffisamment proches. Des études menées en 2022 chez les bovins laitiers par Boichard et ses collaborateurs ont montré que, lorsque l’écart entre ces populations augmente, un « phénomène d’érosion » peut apparaître, entraînant biais et perte de précision dans les index des animaux candidats. Ce phénomène est particulièrement sensible lorsque la population de référence est réduite, comme c’est le cas chez les petits ruminants, soulignant l’importance d’outils adaptés pour ces filières.
Un transfert à GenEval en cours de finalisation
Après plusieurs mois de développement, de paramétrage et de tests, le nouveau logiciel a été intégré aux chaines d’évaluations génomiques officielles. Le transfert à GenEval est désormais en cours de finalisation, pour l’ensemble des caractères indexés en ovins et caprins laitiers.
Pour les caprins laitiers, les premiers index calculés avec ce nouveau logiciel seront mis à disposition de Capgènes dès janvier 2026. Du côté des ovins laitiers, les étapes de mise en œuvre sont en cours et seront progressivement déployées pour les caractères actuellement indexés. En parallèle, et toujours dans le cadre d’EVOGENO, une chaîne d’évaluation utilisant le HSSGBLUP a été développée pour un caractère phénotypé sur les béliers (le cornage) et sera mise en production en 2026.
Pour les ovins allaitants, les travaux se poursuivent dans le cadre du projet GS-MINT (Genomic Selection – consideration of new Molecular Information and evaluation of New Traits, Carnot France Futur Elevage, 2025-2027). Ce projet permettra de poursuivre le développement des évaluations génomiques pour la prolificité, la valeur laitière et la croissance post-sevrage.
Grâce au projet EVOGENO, les évaluations génomiques des petits ruminants bénéficient désormais de plus de cohérence et d’une meilleure pérennité et les index des animaux candidats (sans filles ou sans performances) sont estimés avec plus de fiabilité et de précision. Le projet a permis de consolider les méthodes existantes et de préparer les évolutions futures.
Replay webinaire eBIS sur le Single Step et le facteur d'érosion
