L'évaluation génétique des petits ruminants évolue !

Chez les petits ruminants laitiers (ovins et caprins), des indexations régulières permettent de fournir des index pour les caractères de production, de morphologie mammaire, de santé de la mamelle ou encore, pour la filière caprine, de fertilité à l’IA. Depuis quelques années (2015 en ovins laitiers et 2018 en caprins), l’information génomique est prise en compte grâce au génotypage des animaux à l’aide de puces à ADN. Chez les ovins allaitants, des index polygéniques (sans information génomique) sont fournis pour des caractères liés à la croissance des animaux, à la prolificité ou encore aux qualités maternelles.

 

Des évaluations optimisées

Dans la filière bovine laitière, les chaines d’évaluation génétique ont récemment évolué avec l’utilisation d’un logiciel permettant de prendre en compte simultanément les performances et l’information génomique (évaluation en « une étape » ou « Single Step », par opposition à l’évaluation en « deux étapes » utilisée précédemment).

L’objectif du projet EVOGENO (Action innovante FGE, 2023-2025) est d’adapter le logiciel utilisé en bovins aux petits ruminants. L’avantage de cette évolution est double : une maintenance plus facile et une meilleure pérennité de l’outil.

 

Des index plus fiables

Un autre bénéfice apporté par ce nouveau logiciel est une plus grande fiabilité des index des animaux génotypés sans performance et sans descendance.

Le principe de l’évaluation génomique repose sur l’utilisation d’une population d’animaux génotypés avec des performances ou avec des descendants ayant des performances, appelée population de référence, pour établir des équations de prédiction qui seront ensuite appliquées à une population candidate génotypée et sans performance. La qualité de la prédiction repose donc sur une certaine proximité entre les deux populations. Des études réalisées en 2022, chez les bovins laitiers par Boichard et ses collaborateurs ont montré que lorsque l’écart entre les deux populations se creuse, un « phénomène d’érosion » apparaît, avec pour conséquence un biais et une perte de précision dans l’estimation des index des animaux candidats. Les impacts sont d’autant plus importants que les populations de référence sont réduites, comme c’est le cas chez les petits ruminants.

L’adaptation du logiciel utilisé en bovins laitiers permettra de prendre en compte ce facteur d’érosion afin d’éviter les biais et pertes de précision.

Le paramétrage des programmes et les tests sont en cours. Lorsque les analyses seront finalisées, le nouveau logiciel sera intégré dans les chaînes d’évaluations génétiques officielles de GenEval, pour l’ensemble des caractères indexés en ovins et en caprins laitiers. En ovins allaitants, des évaluations génomiques pilotes seront mises en place pour la prolificité et la croissance post-sevrage en ferme.