Pour le développement de la méthode, chaque chromosome de chaque embryon a été considéré indépendamment. Nous avons sélectionné les embryons pour lesquels il était possible d’identifier visuellement un statut euploïde (nombre normal de chromosomes) ou aneuploïde (nombre anormal), ainsi que ceux présentant une qualité de génotypage suffisante pour être exploitée. À partir des deux variables issues des données d’intensité du génotypage, LRR (Log R Ratio) et BAF (B Allele Frequency), nous avons pu prédire différents types d’anomalies :

• haploïdie (un seul jeu de chromosomes)
• polyploïdie (plus de deux jeux de chromosomes)
• monosomie (perte d’un chromosome)
• trisomie (présence d’un chromosome surnuméraire).

Une détection robuste à l’échelle de l’individu

Au total, 14 627 couples embryon × chromosome ont été analysés, en comparant les prédictions issues de notre méthode à une lecture graphique visuelle servant de référence. Pour des raisons méthodologiques liées à l’estimation des variables, les cas d’haploïdie et de monosomie ont été traités séparément.

À l’échelle du chromosome, la méthode peut encore générer quelques erreurs (environ 8 erreurs pour 1 000 chromosomes analysés). En revanche, lorsque l’analyse est conduite à l’échelle de l’embryon, la classification est globalement correcte. Les rares incohérences concernent principalement certains cas de polyploïdie, pour lesquels il est parfois difficile, même visuellement, de distinguer un embryon euploïde de mauvaise qualité de génotypage d’un embryon réellement polyploïde.

Afin de renforcer la validation de l’outil, de nouveaux embryons sont actuellement en cours de production. La prochaine étape du projet consistera à croiser ces résultats avec une analyse morphologique fine des embryons, afin de mieux comprendre les profils d’intensité les plus difficiles à interpréter.

Un futur outil pour la détection des aneuploïdies partielles ?

La méthodologie a également été appliquée à des cas documentés de taureaux porteurs de réarrangements chromosomiques, induisant des aneuploïdies partielles chez leur descendance. La visualisation des données de fluorescence a permis de confirmer le statut chromosomique de la progéniture, initialement prédit par analyse haplotypique, y compris pour des régions génomiques de petite taille (jusqu’à 2 Mb).

Un pipeline automatisé est actuellement en cours de développement pour la détection systématique des aneuploïdies partielles et des délétions chez les candidats à la reproduction.

Vers la levée des principales contraintes techniques

Les travaux menés ont d’ores et déjà permis des avancées significatives. L’une des principales limites identifiées concerne toutefois l’accès à des jeux de données de génotypages « bruts » plus étendus, indispensables pour disposer d’un nombre suffisant d’exemples et ainsi améliorer les performances de la détection automatique.

Aujourd’hui, les variables requises pour ces analyses ne sont pas incluses dans la transmission standard des génotypages « classiques » par les laboratoires, limitant ainsi leur utilisation pour la détection des anomalies chromosomiques. Pourtant, ces données constituent un prérequis essentiel au déploiement de la méthode en routine. L’un des objectifs du projet était donc de travailler à la mise en place d’une transmission régulière de ces variables supplémentaires. Les adaptations nécessaires des pipelines de transmission sont aujourd’hui en bonne voie, ouvrant la perspective d’un déploiement à plus grande échelle de ces outils de détection.

Ces résultats ont été présentés à l'EAAP 2025, sous forme d'un poster disponible ci-dessous.

Le projet AnEmBoV est financé par APIS-GENE.