Identification d’anomalies génétiques récessives en race Abondance
Anticiper l’émergence de nouvelles anomalies génétiques
Les races bovines constituent des populations relativement restreintes au plan génétique. Cette particularité les rend plus sensibles à l’apparition et à la diffusion d’anomalies génétiques récessives. Or, sur le terrain, seule une partie de ces anomalies est effectivement détectée : certaines ne provoquent pas d’anomalie facilement détectable, d’autres passent inaperçues ou sont insuffisamment déclarées.
Pour contourner cette difficulté, il est aujourd’hui possible de recourir à des approches dites de génétique inverse. Celles-ci utilisent les bases de données de génotypage afin d’identifier, à l’échelle d’une race, des régions du génome anormalement sous-représentées ou, au contraire, sur-représentées dans certains groupes d’animaux. Ces déséquilibres constituent de précieux indices de l’existence d’anomalies génétiques récessives affectant la survie ou la fertilité.
Dans cette étude, nous présentons deux anomalies génétiques mises en évidence en race Abondance grâce à ces méthodes. Les analyses s’appuient sur les informations de vie de près de 100 000 animaux, plus de 30 000 génotypes collectés depuis 2015 dans le cadre de l’évaluation génomique, ainsi que sur le séquençage de 24 ancêtres majeurs de la race.
Une anomalie responsable de mortalité embryonnaire
Une première analyse a consisté à rechercher des déficits en homozygotes dans la population génotypée. Cette approche a permis de confirmer l’existence d’un haplotype, nommé ABH1 (Abondance Haplotype 1), localisé sur le chromosome bovin BTA19 et précédemment identifié par l’UMT eBis. Aucun animal homozygote pour cet haplotype n’a été observé, alors qu’environ 122 étaient attendus statistiquement.
L’haplotype ABH1 est étroitement associé à une mutation de type frameshift (décalage du cadre de lecture) dans le gène UTP6. Ce type de mutation est généralement très délétère. La protéine produite par ce gène interagit en outre avec celle produite par APAF1, un gène déjà connu pour être impliqué dans des phénomènes de mortalité embryonnaire précoce dans la race Holstein.
Un test génétique est proposé à la filière depuis quelques années déjà. L’augmentation récente du nombre d’animaux génotypés a toutefois permis de confirmer de façon robuste la mutation candidate et d’en affiner la caractérisation. Environ 15% des animaux de la race sont porteurs de cette mutation.
L’étude de la fertilité montre que les accouplements entre porteurs hétérozygotes de l’haplotype ABH1 s’accompagnent d’une baisse du taux de conception (-12%) et du taux de non-retour à 56 jours (-0.15%) par rapport aux accouplements entre non porteurs. Enfin, le génotypage de plus de 40 embryons âgés de 7 jours issus d’accouplements à risque a montré un déficit en homozygote significatif dès ce stade, confirmant que ce locus récessif est bien responsable de pertes embryonnaires précoces.
Une anomalie responsable de mortalité juvénile
Dans un deuxième temps, nous avons étudié la mortalité postnatale et recherché un enrichissement et un déficit combinés en haplotypes homozygoteschez les génisses mortes (hors boucherie) avant la mise à la reproduction et chez les femelles ayant terminé au moins une lactation, respectivement. Cette comparaison a mis en évidence un haplotype situé sur le chromosome 4, fortement sur-représenté à l’état homozygote chez les animaux morts (+291 %) et, à l’inverse, sous-représenté chez les animaux témoins (-73%).
L’analyse fine des trajectoires de vie a confirmé une augmentation significative de la mortalité entre 1 et 9 mois chez les descendants issus d’accouplements entre animaux porteurs.
Le meilleur variant candidat pour ce locus affecte un site donneur d'épissage dans le gène SLC25A13, précédemment associé chez l'humain une maladie métabolique, la citrullinémie de type II (cf ci-contre, cas - à gauche - et contrôle). Cette maladie métabolique héréditaire rare due au déficit d’un transporteur mitochondrial appelé citrine, entraîne une incapacité du foie à gérer correctement l’ammoniaque et des perturbations de certaines voies de métabolisme énergétique et azoté.
De l’identification à la gestion de la race
On estime que 14% des animaux de race Abondance sont porteurs sains (hétérozygotes) de la mutation causale et qu’un veau né sur 200 exprimera des troubles en lien avec cette anomalie génétique récessive. La mortalité pouvant survenir très précocement au cours de la vie, certains animaux meurent avant d’avoir pu être génotypés, ou bien l’information génétique n’est disponible qu’après leur mort. Cette contrainte nous a conduits à mettre en place un suivi ciblé des accouplements entre animaux porteurs, afin de garantir l’observation et l’étude d’animaux atteints encore en vie.
Grâce à ce dispositif, mené en partenariat avec l’entreprise Auriva, et à la caractérisation clinique et lésionnelle approfondie réalisée par l’équipe de pathologie des ruminants de l’École vétérinaire de Toulouse, six cas ont pu être étudiés de manière détaillée.
Les analyses métaboliques ont révélé un dysfonctionnement légèrement différent de celui observé chez l’humain, probablement en lien avec les spécificités du métabolisme de l’espèce bovine, tout en restant cohérent avec la fonction du gène.
Ces résultats ont permis de valider définitivement la mutation candidate et de mettre en place un test génétique opérationnel, désormais disponible auprès de Valogène sous le nom DCA pour Déficit en Citrine en race Abondance, afin d’aider la filière à maîtriser la diffusion de cette anomalie.
Conclusion
Ces travaux illustrent la puissance des approches de génétique inverse pour détecter des anomalies invisibles sur le terrain. Ils ouvrent la voie à des stratégies de gestion génétique plus efficaces, visant à réduire la mortalité embryonnaire et juvénile et à améliorer durablement la santé et la robustesse du cheptel bovin.
Ces résultats ont été présentés à l'EAAP 2025, sous forme d'un poster disponible ci-dessous.
Cette étude a été réalisée dans le cadre du projet Welcow, piloté par Aurélien Capitan de l’UMTeBis, financé par APIS-GENE, et menée en partenariat avec l’entreprise Auriva et l’École vétérinaire de Toulouse ENVT (contact : Gilles Foucras). Nous remercions également les éleveurs qui ont participé à la caractérisation de cette anomalie grâce à leur participation active au suivi des animaux.
