Exploitation des données de la puce d’épigénotypage RUMIGEN pour prédire les performances des vaches laitières

La puce EpiChip, développée pour les bovins dans le cadre du projet H2020 RUMIGEN, permet d’obtenir des données de méthylation de l’ADN sur l’ensemble du génome dans un tissu donné. Elle offre une approche puissante pour comprendre les facteurs épigénétiques qui influencent les performances des vaches laitières. Cette étude a utilisé l’EpiChip RUMIGEN sur des échantillons sanguins provenant de 3 087 vaches Holstein afin d'évaluer dans quelle mesure les biomarqueurs épigénétiques peuvent aider à prédire les performances des vaches.

Les caractères de production laitière, de fertilité, de santé de la mamelle et de morphologie ont été analysés. Les objectifs étaient d’estimer 1) les parts relatives de la génétique et de la méthylation de l’ADN sur la variabilité des caractères et 2) le gain de précision apporté par l’EpiChip pour prédire les performances des vaches.

Nous avons ainsi montré que la part de variabilité due à la méthylation de l’ADN expliquait entre 1% et 15% de la variabilité pour 14 des 34 caractères analysés. Les caractères affectés étaient liés à la production laitière (1%), la santé de la mamelle (3%), la fertilité (3%) et la morphologie (1% à 15% selon le caractère). Par ailleurs, un modèle incluant un effet épigénétique, en plus d’un effet génétique, a permis d’accroitre la précision des prédictions pour 8 des caractères analysés (0,5% à 6,7% selon le caractère).

Ces résultats ouvrent la voie à l'utilisation des données EpiChip pour améliorer la capacité de prédiction au-delà des facteurs génétiques et environnementaux conventionnels. Cela fournit un cadre plus complet pour la gestion des performances animales, permettant de prendre des décisions plus éclairées en matière d'élevage et de gestion afin d'améliorer l'efficacité et la durabilité de l’élevage bovin.

Ce projet a reçu un financement du programme Horizon 2020 RUMIGEN (n° 101000226) et d'APIS-GENE (PolyPheme).