Une GWAS basée sur les séquences identifie les régions génomiques associées à la résistance aux strongles gastro-intestinaux chez les génisses Holstein

Les strongles gastro-intestinaux (SGI) constituent une préoccupation croissante pour la santé et la productivité du bétail en raison de leur résistance accrue aux anthelminthiques et de leur impact écologique. Le renforcement de la résistance génétique représente une stratégie durable pour atténuer la charge parasitaire. Dans le cadre du projet GIVERNI, nous avons mené une étude d'association pangénomique (GWAS) au niveau de la séquence afin d'identifier les régions génomiques associées à la résistance aux SGI.

Au total, 1 736 génisses Holstein ont été génotypées à l'aide d'une puce SNP de moyenne densité (50k) et phénotypées après leur première saison de pâturage. Quatre caractères de résistance ont été analysés : le test Elisa de l'immunoglobuline G (IgG) sérique, le nombre d'oocystes d'Ostertagia par gramme de matières fécales (OPG), l'OPG transformé en logarithme et les niveaux de pepsinogène sérique. Les génotypes 50k ont été imputés à la séquence du génome entier à l'aide de la version 9 du projet 1000 Bull Genomes. Les GWAS ont été réalisés à l'aide d'un modèle linéaire mixte, les performances étant ajustées pour tenir compte des effets non génétiques.

Les héritabilités estimées variaient entre 0,07 (OPG) et 0,30 (pepsinogène). Plusieurs régions du génome ayant des effets significatifs ont été détectées, mettant en évidence des gènes candidats impliqués dans la réponse immunitaire et la fonction gastro-intestinale. Une association majeure a été identifiée sur le chromosome 21 pour l'IgG, dans une région contenant le gène KIF26A, impliqué dans le développement du système nerveux entérique. Pour l'OPG, un signal clé a été observé sur le chromosome 24, près du gène DSEL, impliqué dans la biosynthèse du dermatane sulfate. Les taux sériques de pepsinogène ont été associés à un locus sur le chromosome 23 dans le gène PGC (Progastricsin), codant pour une enzyme cruciale pour l'intégrité de la muqueuse gastrique.

Des analyses post-GWAS, notamment l'exploration de réseaux de gènes, sont en cours afin d'affiner les gènes candidats. Ces résultats permettent de mieux comprendre les bases génétiques de la résistance aux parasites et confortent la sélection génomique pour obtenir des bovins résistants.

Le projet GIVERNI a été financé par APIS-GENE.