GMYOSEO2 – Sélection génomique et qualité des viandes : La génétique comme levier de réduction des carcasses saisies pour myosite éosinophilique

Sarcosporidiose : de plus en plus de carcasses saisies, des pertes économiques qui s’alourdissent

Son nom ne vous parle probablement pas, et pourtant entre 95 et 100% des bovins sont infectés. La sarcosporidiose est une maladie parasitaire pour laquelle les bovins sont les hôtes intermédiaires, hébergeant 3 espèces de ce parasite. Ces derniers peuvent ensuite infecter un hôte définitif, humain ou carnivore selon l’espèce parasitaire en cause. Malgré son importante fréquence dans les populations bovines, la plupart des animaux sont asymptomatiques et ne déclarent aucun signe clinique. Mais pour certains d’entre eux, elle conduit à la formation de kystes dans leur masse musculaire, appelés lésions de Myosites Eosinophiliques (ME), qui entrainent généralement la saisie totale de la carcasse à l’abattoir. L’apparition de ces lésions est rare (en moyenne entre 0,2 et 0,3% des bovins abattus), mais elle est en augmentation et a un impact économique important de l’ordre de plusieurs millions d’euros par an supportés par la filière bovine.

Une composante génétique dans la sensibilité d'apparition des lésions de myosites éosinophiliques

Certaines races semblent prédisposées à l’apparition de ces lésions de ME, notamment la Blonde d’Aquitaine et la Parthenaise, significativement surreprésentées au niveau des saisies à l’abattoir (jusqu’à 0,7% des femelles abattues). Face à ce constat et à l’augmentation de l’apparition des lésions, AURIVA Elevage avait lancé le programme GMyosEo (Action innovante FGE), qui a permis de mettre en évidence une composante génétique dans la sensibilité d’apparition de ces lésions. Dans cette veine, GMyosEo2 vise à réduire la proportion d’animaux saisis en abattoir pour cause de ME grâce à la mise en place d’une sélection génomique d’animaux « résistants » et par l’adaptation des conduites d’élevages.

Vers une sélection génétique de la résistance à la myosite éosinophilique

Les premières tâches du programme ont consisté à constituer une base de données pour 12 races : Blonde d’Aquitaine, Aubrac, Brune, Salers, Limousine, Charolaise, Rouge des Prés, Montbéliarde, Bleu du Nord/Blanc Bleu, Normande, Holstein et Parthenaise, et pour les animaux croisés. Cet important travail de collecte de données a permis de compiler les informations de 19 014 animaux saisis dont 15 256 femelles des 12 races cibles, âgées de 2 à 10 ans atteintes de myosite éosinophilique et de plus de 11 millions de femelles contemporaines non atteintes. L’analyse des facteurs environnementaux, notamment la gestion du pâturage et la situation sanitaire générale de l’élevage, n’a pas permis de mettre en évidence des facteurs prédisposant le développement de lésions de ME.

En parallèle, un réseau de 43 élevages de race Blonde d’Aquitaine, à la fois cas (multiple cas de saisies) et témoins (absence de saisie), a été constitué. Des génotypages ont été réalisés au sein de ce réseau ainsi que sur des animaux dont les carcasses ont été saisies en abattoir, permettant d’accroitre significativement la taille de la population de référence. « Dans GMyosEo2, on est passé de 17 à 300 femelles atteintes en race Blonde d’Aquitaine génotypées. Cette première population de référence va permettre de réaliser des analyses génétiques sur le caractère “résistance à la Myosite Eosinophilique” et, dans un premier temps, de proposer une évaluation génomique en Single-Step de ce caractère dans cette race », explique Hélène Leclerc (ELIANCE), coordinatrice du programme. Si la recherche de possibles biomarqueurs pertinents du développement de lésions de ME afin d’identifier les animaux à fort risque en amont de leur abattage à partir de prélèvements sanguins n’est pas fructueuse à ce stade, les analyses des séquences d’ADN de 36 animaux choisis sur la base d’un trio (père, 1 femelle atteinte, 1 femelle non atteinte) ont révélé des régions du génome à étudier plus précisément pour déterminer leur rôle dans la sensibilité à la Myosite Eosinophilique. Des marqueurs génétiques, aussi appelés SNP, situés dans ces régions seront ajoutés dans la future version de la puce de génotypage afin de mieux prédire la sensibilité/résistance des animaux aux développement de lésions de ME.

La génomique se positionne comme un levier d’intérêt pour réduire l’apparition de ces lésions de ME et la saisie des carcasses en abattoir.  Ce programme a donc un double intérêt : d’une part sur le plan économique et d’autre part, dans une perspective de réduction du gaspillage des ressources et du bilan carbone – des enjeux majeurs pour les filières. « Grâce à un élargissement du partenariat à l’ensemble des Fonds d’Assainissement Régionaux du territoire en cours de finalisation, les données d’animaux saisis pour ME continueront d’être remontés et d’enrichir une base de données unique, au-delà de ce programme de recherche. Cela pourra permettre aux autres races de construire une population de référence et d’envisager une sélection génomique sur ce caractère dans les années à venir », conclut Hélène Leclerc.