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Avortements des petits ruminants : comment améliorer le diagnostic étiologique en vue de mieux maîtriser ces infections zoonotiques ?

Intervention réalisée par Dominique Bergonier (ENVT) lors du Webinaire de l'UMT PSR du 26 Avril 2023

Publié le par Dominique Bergonier (ENV Toulouse)
Face aux enjeux associés aux avortements, l’amélioration du diagnostic étiologique de troupeau constitue l’un des tous premiers buts à atteindre. Elle passe en particulier par une optimisation des procédures de prélèvement autant que par une plus large utilisation d’analyses conventionnelles et innovantes. C'est dans ce contexte qu'un nouvel outil de diagnostic direct a été proposé fin 2022 par l’ENVT et AVEYRON LABO. Dominique Bergonier, porteur du projet, revient sur l'ensemble de ces éléments et présente l'intérêt des techniques appliquées au travers d'exemples concrets

Plusieurs enjeux importants sont associés aux avortements : limitation de l’impact économique, gestion efficace du risque zoonotique, renforcement des bonnes pratiques de maîtrise (tant sur le plan vaccinal que thérapeutique : prévention de l’antibiorésistance), …

Dans ce contexte, l’amélioration du diagnostic étiologique de troupeau constitue l’un des tous premiers buts à atteindre. Elle passe en particulier par une optimisation des procédures de prélèvement (type, nombre, qualité, temporalité, …), et par une plus large utilisation d’analyses conventionnelles et innovantes. Le nouvel outil de diagnostic direct proposé fin 2022 par l’ENVT et AVEYRON LABO associe pour la première fois :

  1. une recherche très large d’agents infectieux avérés ou potentiels,
  2. une technologie innovante.

Une largeur de recherche étiologique s’appuyant sur deux idées combinées :

  • inclusion des différents groupes bactériens et parasitaires dont une espèce au moins constitue un agent avéré ou possible d’avortement ;
  • pour chacun de ces groupes, ciblage de la détection à l’échelon du genre ou de la famille (exemple : Anaplasmataceae), de manière à préciser pour chacun d’entre eux, les incidences respectives des différentes espèces (exemple : Anaplasma phagocytophylum, A. ovis, A. marginale ?, …), voire mettre en évidence de nouvelles espèces pathogènes, pour la France au moins (comme cela a été réalisé récemment en Sardaigne par exemple : Erhlichia canis au sein de la famille des Anaplasmataceae).

Cette première version de PCR multiplex, ciblant 9 groupes étiologiques, est donc exploratoire. Elle est intéressante en particulier pour les prélèvements situés à l’extrémité du filtre placento-fœtal (organes d’avortons). D’autres versions à venir seront plus ciblées (plus spécifiques), selon les premiers résultats obtenus, en fonction du type de prélèvement traité ou des régions et systèmes d’élevage concernés.

La PCR digitale, une technique innovante d’amplification génique.

Le mélange réactionnel est fractionné en plusieurs milliers de micro-compartiments indépendants, fournissant ainsi une quantification « absolue » précise, une meilleure reproductibilité et une sensibilité analytique accrue.

Cette nouvelle PCR est proposée à tous (laboratoires de diagnostic, GDS, vétérinaires, …) comme analyse de seconde intention (après négativité obtenue pour Chl. abortus, Fièvre Q, Toxoplasmose). Elle est indiquée en particulier lors de :

  • résultats négatifs ou douteux pour les analyses de première intention,
  • positivité quantitativement faible pour des germes de portage sur simples écouvillons vaginaux (analyser des organes),
  • échecs de traitement (tétracyclines) ou échecs présumés de vaccination,
  • diagnostic d’exclusion, …

Une période de gratuité (2023) est associée au lancement de cette dPCR (nous contacter avant : dominique.bergonier(at)envt.fr).

Revoir l'intervention en vidéo :

Retrouver la présentation en un clic :

 

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