Performances des tests de dépistage des infections

Pour déceler la présence d'une infection, la meilleure méthode reste encore l'analyse bactériologique du lait. Celle-ci est cependant couteuse et difficile à mettre en oeuvre. C'est pourquoi on a recours à des tests de dépistage qu'il faut savoir interpréter... Les règles de décision fondées sur les concentrations cellulaires ont été définies en recourant à des analyses statistiques. Il est possible d'évaluer la qualité du dépistage, sa performance, en s'appuyant sur des critères simples tels que la sensibilité et la spécificité.

Vrais négatifs, faux négatifs, vrais positifs, faux positifs

Ponctuellement, si l’on considère un seuil de concentration cellulaire donné, les chèvres saines qui auront des résultats inférieurs au seuil seront qualifiées d’individus "vrais négatifs" (VN).    Si au contraire, bien que saines, elles ont des résultats supérieurs au seuil, on croira à tort qu’elles sont infectées. On parle dans ce cas de "faux positifs" (FP).     Le principe est le même pour les chèvres infectées.   Celles qui ont des résultats effectivement supérieurs au seuil seront des "vrais positifs" (VP). Par contre, si elles présentent des comptages inférieurs au seuil, on pensera à tort qu’elles sont saines. Il s’agira de "faux négatifs" (FN).

                 

Bien évidemment, on va chercher à minimiser le nombre de fois où l’on se trompe (faux négatifs, faux positifs) et au contraire à maximiser le nombre de fois où l’on a correctement qualifié l’animal (vrais négatifs, vrais positifs).

                 

Malheureusement, lorsqu’on améliore un critère (VN par exemple), on détériore généralement le second (VP) et inversement.

En effet, en diminuant le seuil de concentrations cellulaires, il est probable que l'on repère davantage de chèvres réellement infectées (on diminue les faux négatifs), mais a contrario davantage de chèvres saines ayant des concentrations cellulaires supérieures à ce seuil, seront considérées à tort comme infectées (on augmente les faux positifs).

                   

De même, si on procède à l’augmentation du seuil, c'est bien sûr la situation inverse qui se produit. Le pourcentage de chèvres considérées comme saines va augmenter et celui des chèvres considérées comme infectées va diminuer; des chèvres réellement infectées mais avec des résultats de concentrations cellulaires inférieurs au seuil auront été considérées à tort comme saines.

                    

Tout est donc affaire de compromis...

                       

Des paramètres pour évaluer le test de dépistage

 

On va donc calculer différents paramètres (sensibilité, spécificité, valeur globale,...) qui permettent de qualifier le test de dépistage.

                     

La sensibilité   C'est la capacité d'un test à détecter les vrais positifs. Il s'agit ici de la probabilité pour les chèvres infectées d'avoir des concentrations cellulaires supérieures au seuil du test.              La spécificité   C'est la capacité d'un test à détecter les vrais négatifs. Il s'agit ici de la probabilité pour les chèvres non infectées d'avoir des concentrations cellulaires inférieures au seuil du test.

La valeur globale   La valeur globale (on peut aussi trouver le mot "efficience") correspond au pourcentage d'animaux réellement sains et d'animaux réellement infectés détectés par le test. C'est tout simplement la probabilité d'avoir bien décelé les animaux sains ou infectés avec le test. Cette valeur va varier en fonction de la pression d'infection dans le troupeau (de la fréquence des chèvres infectées par des pathogènes mineurs).   Les valeurs prédictives   Les valeurs prédictives sont également intéressantes : valeur prédictive positive : probabilité que les chèvres ayant des résultats supérieurs au seuil, soient effectivement infectées   valeur prédictive négative : probabilité que les chèvres ayant des résultats inférieurs au seuil, soient effectivement non infectées

              

 Les analyses statistiques ont permis de déterminer les seuils qui optimisent ces différents critères.

                    

Cependant, les seuils à utiliser dans la conduite d’élevage (choix pour déterminer les animaux à traiter ou au contraire à réformer) dépendent des objectifs que l’on se fixe : on peut par exemple vouloir absolument traiter toutes les chèvres infectées quitte à en traiter trop, ou au contraire faire le choix de ne surtout pas traiter des chèvres saines quitte à ne pas traiter certaines chèvres infectées...

             

C'est pourquoi les seuils doivent être surtout considérés comme une aide à la décision dans la gestion du troupeau.

                 

Quelles performances ?

 

Avec 2 dépassements du seuil de 750 000 cellules par ml, la sensibilité est d'environ 80 %, la spécificité de 61 %.

                 

Avec 3 dépassements d'un seuil de 1750 000 cellules par ml, la sensibilité est d'environ 61 %, la spécificité de 80 %.

                  

En élevage, il faut garder à l'esprit que les infections à pathogènes majeurs (et notamment à Staphylococcus aureus) sont le plus souvent assez rares. Dans ce cas, on surestime toujours un peu la fréquence de ce type d'infections en utilisant les tests fondés sur les concentrations cellulaires. La distribution des concentrations cellulaires ponctuelles l'illustre bien (de Cremoux, 1995). Une raison de plus de prendre en compte l'historique des animaux établi partir de séries de mesures.

                    

C'est pourquoi, lorsque l'on cherche spécifiquement les chèvres infectées par Staphylococcus aureus, il est fréquent de cibler les chèvres grâce aux concentrations cellulaires puis de réaliser des analyses bactériologiques sur les laits des animaux ciblés. Le plus souvent entre une chèvre sur deux et une chèvre sur trois sont infectées par Staphylococcus aureus et les autres par des pathogènes mineurs qui, finalement, ne sont pas si mineurs que ça...