Méthodes PCR disponibles en matière de fièvre Q

Depuis plusieurs années, le Laboratoire ANSES de Sophia Antipolis, en tant que Laboratoire National de Référence pour la fièvre Q (LNR-FQ) accompagne le processus de standardisation et de validation des méthodes de diagnostic direct (PCR) de la fièvre Q. Ces travaux sont conduits en collaboration étroite avec le réseau des laboratoires vétérinaires et les fabricants de kits diagnostiques. Il fait ici le point sur les méthodes disponibles en matière de PCR.

Pour un diagnostic "clinique", une quantification nécessaire de la charge bactérienne

Les méthodes PCR sont essentielles pour déterminer l'implication de la fièvre Q dans des épisodes abortifs. Elles ont été validées selon la norme U47-600 (norme AFNOR relative à la validation des PCR dans le domaine de la santé animale) et les exigences du LNR-FQ en vue d'une application au diagnostic d’avortement, domaine initialement ciblé pour le programme pilote sur la fièvre Q de 2012 à 2015 (NS DGAL/SDSPA/N2011-8116, Rousset et al, 2012, Rousset et De Crémoux, 2013).

En particulier, pour la fièvre Q, le diagnostic d’avortement est basé sur un seuil d'interprétation clinique  (10e4 bactéries/écouvillon en cas d'analyses individuelles ou10e3 bactéries pour une analyse de mélange de 3 écouvillons ou 3 houppes cotylédonaires). Pour ce faire,  le LNR-FQ recommande d’utiliser les méthodes validées :

• soit la PCR quantitative (PCRq) qui comporte une gamme,
• soit la PCR relative (PCRr) par rapport à un matériau de référence au seuil d'interprétation (MRSI). Le cout technique de la PCRr est moindre par rapport à la PCRq, il est identique à celui de la PCR qualitative. A noter qu'une PCR qualitative peut être employée pour un dépistage amont le cas échéant.     

Pour les autres méthodes commerciales (PCR comportant 2 valences Chlamydia et Coxiella, kit incluant 8 valences dont Coxiella), le LNR a sollicité les fabricants concernés : une étude de comparaison à une méthode PCR Coxiella validée a été réalisée. A l'heure actuelle, le kit PCR multipathogène a été autorisé à l’issue d’une comparaison des résultats avec une méthode validée. Deux des trois kits PCR ciblant à la fois Coxiella et Chlamydia ont été validés et un a été autorisé.

Une liste évolutive  de méthodes disponibles

Le document téléchargeable ci-joint liste les méthodes PCR utilisables pour la fièvre Q. Sont également spécifiées les performances des méthodes commerciales validées pour le diagnostic de fièvre Q abortive : limite de détection, limite de quantification, exactitude.

La liste des méthodes sera actualisée pour prendre en compte les résultats des essais en cours ou à venir.

Pour en savoir plus, quelques références :

• Note de Service : DGAL/SDSPA/N2011-8116 du 23 mai 2011 relative à la première étape d'organisation avec les DDPP pour la mise en place d’une surveillance clinique de la fièvre Q dans des départements pilotes rassemblant l’ensemble des acteurs locaux (DDPP, GDS, GTV, laboratoires, éleveurs) : http://agriculture.gouv.fr/ministere/note-de-service-dgalsdspan2011-8116-du-23052011
    
• Rousset, E., M. Prigent, G. Ameziane, R. Brugidou, I. Martel, A. Grob, G. Le Gall, S. Kerninon, J. Delaval, Chassin A, Vassiloglou B, Aulagnon S, Valogne A, Ogier M, Audeval C, Colocci F, Perennes S, Cazalis L, Nicollet P, Maingourt C, K. Sidi-Boumedine. 2012. Adoption par un réseau de laboratoires d’une méthode de PCR temps réel quantitative validée pour conduire une surveillance des avortements dus à la fièvre Q en élevages de ruminants. Euroreference. N°8: 21-27 (article en français et en anglais). Hiver 2012 : https://pro.anses.fr/euroreference/
      
• Rousset, E., de Cremoux, R. Fiabilité et harmonisation des méthodes de diagnostic pour la fièvre Q. 2013. Bulletin des GTV. Hors-série Avortements : 63-73.