Webinar: Cattle Genetics and Reducing Methane Emissions
On 28 September 2026, a webinar organised as part of the European projects Climate Farm Demo and ClimateSmartAdvisors explored the role of genetic selection in reducing methane emissions from cattle, with around 30 participants. Discussions focused on genetic evaluations for methane emissions, the indicators currently available, and the data and methods used to measure these emissions. Drawing on CAP'2ER data, the webinar also examined the links between genetics, farming practices and methane emissions, with a particular focus on the characteristics of the lowest-emitting dairy farms. Finally, discussions explored the potential of genetics as a tool for reducing methane emissions, as well as the questions that remain to be addressed, alongside herd management practices.

Programme et inscriptions en février 2027.

Renseignement : evenement[at]idele.fr

Quelle que soit votre appétence pour les calculs statistiques, vous êtes peut-être amené(e) à travailler sur des données en tout genre :

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👉 Vous connaissez vos basiques (Excel <3), mais vous aimeriez aller plus loin dans vos pratiques ou votre compréhension des méthodes d’analyse ?

Data’Stat, le service de traitement statistique des données de l'Institut de l’Élevage, propose une gamme complète de formations, adaptées à tous les niveaux, sur la prise en main d’outils et de méthodes statistiques :

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En 45 minutes top chrono, ce webinaire animé par Mathilde et Terence vous permettra :

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Les variants structuraux ont été détectés chez 176 individus séquencés en lecture longue. Des données de séquençage à lectures courtes, disponibles pour 1 280 individus, ont ensuite été utilisées pour identifier les variants structuraux présents chez ces animaux. Les analyses de validation ont montré une bonne concordance pour les délétions et les insertions, mais une concordance plus faible pour les duplications, qui ont donc été exclues des analyses.

À l'aide d'une stratégie d'imputation en deux étapes, les SNP et les variants structuraux ont ensuite été prédits chez 11 902 taureaux Holstein, 3 753 Montbéliards et 3 053 Normands disposant de phénotypes pour 13 caractères liés à la production laitière, à la santé de la mamelle, à la fertilité et à la stature. Cette approche a permis de disposer, après filtrage, d’environ 14 millions de SNP et 40 000 variants structuraux pour réaliser des analyses d’association à l’échelle du génome (GWAS) dans chacune des trois races.

Les résultats des GWAS étaient cohérents avec des découvertes antérieures et ont identifié 36 associations significatives uniques entre variants structuraux et caractères. Les SNP ont généralement présenté des signaux plus forts dans des régions d'intérêt, probablement en raison de leur meilleure précision d'imputation. Cependant, une insertion de 1 217 paires de bases s’est révélée être le variant le plus significativement associé à une région du génome associé à la stature en race Montbéliarde. Ce variant structural est situé dans un intron du gène GABRG3, qui a notamment été associé à la croissance et à des troubles du développement chez l'Homme.

Dans l'ensemble, nos résultats montrent que l'intégration des variants structuraux dans les études d'association à l'échelle du génome peut apporter un nouvel éclairage sur l'architecture génétique des caractères complexes chez les bovins. Ils soulignent également l’intérêt d'élargir les ressources de séquençage à lectures longues afin d'améliorer la précision d'imputation des variants structuraux et d'augmenter la puissance des futures études d'association.

Ce travail a été réalisé dans le cadre du projet CASCAD, financé par le CARNOT France Futur Élevage (F2E). Les données de séquence ont été produites par les projets FEDER SeqOccIn et H2020 RUMIGEN.

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/23840/galley/22501/view/

Quelques régions génomiques étaient associées de manière significative aux caractères de tolérance au stress thermique ; cependant, ces régions différaient selon la race et le caractère. Au-delà de la mise en évidence de nouvelles régions associées à la tolérance au stress thermique, notre étude a également identifié des QTL ciblant des gènes déjà rapportés dans des études sur la tolérance à la chaleur, soulignant leur pertinence. Enfin, les QTL associés aux pentes (c'est-à-dire à la tolérance au stress thermique) n'étaient pas associés aux niveaux, ce qui suggère qu'une sélection de QTL favorables à la tolérance au stress thermique et sans effets antagonistes sur les caractères actuellement sous sélection est possible.

Cette étude a reçu un financement du programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne sous le numéro de subvention 101000226 (Rumigen) et d'APIS-GENE (CAICalor). Les auteurs remercient Météo-France pour la base de données Safran.

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/23817/galley/22701/view/

Les écarts-types génétiques et les héritabilités ont suivi la même tendance quel que soit le gradient, présentant des valeurs plus élevées pour les environnements favorables et défavorables par rapport aux environnements moyens (effet d'échelle important). Les corrélations génétiques (r_g) de la production MY_305d mesurée dans les différents types d'environnements sanitaires ont été estimées pour les trois gradients, étant toutes supérieures ou égales à 0,9 (r_g≥0,9). Ainsi, ces résultats indiquent que, dans les données considérées, il n'y a pas d'interactions GxE significatives (reclassements limités) pour la production MY_305d par rapport à l'environnement sanitaire du troupeau mais les différences de valeurs génétiques entre les moins bons et les meilleurs animaux sont plus ou moins marquées suivant les milieux.

Silja Beerling bénéficie d’une bourse de thèse CIFRE IDELE, avec le soutien financier de l’ANRt et d’APIS-GENE (CEVADE). Une partie de cette étude s’appuie sur les résultats obtenus dans le cadre du projet OBGENO (APIS-GENE).

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/24026/galley/22208/view/

L’analyse de la mortalité juvénile a révélé un effet hautement significatif sur l’incidence des mort-nés, avec des taux de veaux morts de 33,1% contre 9,6% chez respectivement 181 et 7 433 descendants issus d’accouplements à risque (taureau porteur × vache porteuse) et d’accouplements témoins appariés (taureau porteur × vache non porteuse). Les mort-nés du groupe à risque présentaient également une durée de gestation réduite d’environ 6,5 jours, suggérant un effet sur la viabilité fœtale en fin de gestation.

Concernant la fertilité, l’analyse du taux de conception et du taux de non-retour à 56 jours chez 742 accouplements à risque, comparés à 24 648 témoins, a révélé une baisse significativedes performances (−5,1% et −5,6%, respectivement), bien que les effets aient été d’une ampleur moindre. Ces baisses étaient inférieures à la baisse de 25% attendue dans le cas d'une mortalité embryonnaire complète, ce qui suggère une pénétrance incomplète ou une expressivité variable de l'haplotype. En revanche, la survie a été fortement impactée : la survie à la naissance a chuté de 90,4% à 66,8% et la survie postnatale est restée plus faible à 7 et 30 jours.

Une recherche de variants candidats − s’appuyant sur les séquences du génome entier de 5 taureaux hétérozygotes de race Normande, de 154 taureaux de race Normande de type sauvage et de 1 006 individus issus de 19 autres races − a permis d’identifier un seul variant candidat délétère, une mutation non-sens dans le gène de la protéine O-mannosyltransférase 2, dit POMT2. Le gène POMT2 code pour une enzyme nécessaire à la fixation de sucres sur une protéine importante de la cellule musculaire (glycosylation de l’α-dystroglycane). Ce processus est essentiel au maintien de la stabilité des fibres musculaires et au bon développement du cerveau. Plusieurs variants faux-sens du gène POMT2 ont été associés à une dystrophie musculaire congénitale et à des anomalies cérébrales chez l’homme, tandis que l’inactivation complète de ce gène entraîne une mortalité embryonnaire chez la souris. Si exprimée, la protéine mutante serait tronquée d’environ 62% et serait dépourvue de plusieurs domaines fonctionnels essentiels.

L’analyse des génotypes de 94 727 bovins de race Normande (puce Illumina EuroGMD) a révélé l’absence d’homozygotes. La fréquence allélique du variant a été estimée à 1,8%. Parmi 1 275 893 autres animaux issus de 20 races, aucun n’était porteur, à l’exception de neuf Holstein ayant des animaux Normands dans leur généalogie.

Charlie Roy bénéficie d'une bourse de thèse CIFRE Eliance, avec le soutien financier de l'Association Nationale de la Recherche et de la Technologie et d'APIS-GENE.

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/24004/galley/22783/view/

C'est pourquoi un nouveau logiciel, SNP-GWAS, a été développé par les chercheurs INRAE pour réaliser des GWAS au niveau de la séquence, soit pour un très grand nombre de variants bialléliques. Intégrant des fonctionnalités destinées à minimiser les temps de calcul, ce logiciel traite les chromosomes séparément, en parallélisant les analyses de groupes de variants d'un même chromosome. Ce logiciel permet de prendre en compte la structure de la population tout en conservant une taille raisonnable d'équations à résoudre (limitée au nombre de SNP considérés, et ce quel que soit le nombre d'animaux).

De plus, le logiciel intègre quatre fonctionnalités utilisables simultanément, ce qui n'est généralement pas le cas avec les logiciels préexistants :

1. Pondération des performances : si les phénotypes ont des précisions différentes, cette méthode augmente la puissance et réduit le taux de faux positifs ;
2. Prise en compte de l’incertitude des génotypes imputés (cas des animaux analysés grâce à une puce de génotypage) ;
3. Effet de dominance en plus de l'effet additif ;
4. Retrait possible des marqueurs situés sur le même chromosome que le SNP testé afin de maximiser la puissance du test sur un SNP donné.

Un exemple à grande échelle est présenté avec l'analyse de l'âge au premier vêlage de 145 000 vaches de race Montbéliarde et un million de variants.

Le logiciel est accessible gratuitement au lien suivant : https://github.com/thierrytribout/SNP_GWAS

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/23824/galley/22713/view/

Les investigations cliniques, incluant des autopsies et des analyses histologiques, ont révélé une peau extrêmement élastique et fragile présentant des plaies, des cicatrices guéries et des zones anormalement fines, ainsi que des poches séro-hémorragiques. Ces observations étaient cohérentes avec le syndrome d'Ehlers-Danlos, malgré l'absence d'hyperlaxité articulaire.
En se basant sur la structure du pedigree, l'hypothèse d'un mode de transmission dominant avec un mosaïcisme potentiel chez le père a été formulée. Une cartographie par test de déséquilibre de transmission a été réalisée sur les 16 animaux atteints et 113 demi-sœurs témoins génotypés avec la puce SNP Illumina EuroGMD, révélant une région à l'extrémité du chromosome 11. Cette région contenait un gène candidat fort,COL5A1, connu pour causer la forme classique du SED chez l'Homme.
Le génome entier d'un animal atteint a été séquencé et comparé à 1 869 génomes témoins. Après filtrage strict, dix variants hétérozygotes ont été identifiés. Parmi eux, un seul susceptible d’altérer la protéine, une mutation non-sens dans le gène candidat. Le génotypage ultérieur de cette mutation par PCR et séquençage Sanger au sein du pedigree a confirmé l'origine de novo et la causalité probable du variant COL5A1.
Enfin, l'analyse de la distorsion de transmission au sein du groupe témoin nous a permis d'estimer le niveau de mosaïcisme pour cette mutation chez le père à 24,3 %.

En conclusion, nous rapportons la première identification d'une mutation du gène COL5A1 associée au syndrome d'Ehlers-Danlos chez les bovins, présentant des caractéristiques cliniques très similaires à celles décrites précédemment chez l'Homme, à part l'hyper mobilité des articulations. Suite à ces constats, le taureau concerné a été retiré du marché.

Ces travaux ont été financés par APIS-GENE (Effitness).

Article complet : https://www.iastatedigitalpress.com/wcgalp/article/23738/galley/22673/view/