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Vers la création d'un observatoire des anomalies génétiques en petits ruminants

Publié le par Diane Buisson (Institut de l'Elevage)
Choix des reproducteurs Conseil en élevage Evaluations et index Génomique Santé Caprin Ovin lait Ovin viande
Chaque année, les filières de petits ruminants rapportent l’émergence de nouvelles anomalies ou tares génétiques dans les populations. Compte tenu de l’impact économique, social ou même génétique qu’elles peuvent avoir, les responsables professionnels des filières ovins lait, ovins viande et caprins lait ont affirmé la nécessité et leur volonté de créer un observatoire des anomalies génétiques en petits ruminants. Cet observatoire permettra de détecter précocement les anomalies, de les caractériser, et de pouvoir, quand cela est nécessaire, les gérer dans les programmes de sélection.

 

Le projet CASDAR PRESAGE (Préparer la création d’un observatoire des Anomalies Génétiques en Petits Ruminants) a été sélectionné dans le cadre de l’appel d’offre du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation. Les objectifs de ce projet (qui s'étendra sur 2021-2024) sont les suivants : 

  • l'évaluation des conditions nécessaires à la création d’un observatoire des anomalies génétiques (rédaction d’une charte de fonctionnement),
  • le développement des outils et méthodes nécessaires à chaque étape du suivi et à la gestion des anomalies génétiques.

 

Etude des modalités de création de l'observatoire et rédaction d'une charte de fonctionnement

 

Un état des lieux du fonctionnement de l’ONAB (Observatoire National des Anomalies Bovines) sera réalisé. La gestion de l’anomalie de l’épidermolyse bulleuse par l’OS Mouton Vendéen sera prise comme cas d’étude. Cela permettra d’identifier les points forts, mais aussi les difficultés rencontrées et les leviers d’action à mettre en place. A partir de ces informations, des réflexions seront menées avec les différents partenaires impliqués ainsi que des représentants des organisations sanitaires (GDS France et SNGTV) pour aborder les questions de structuration, de gouvernance, de financement et de fonctionnement de l’observatoire. Ces réflexions permettront de placer les professionnels au cœur du futur dispositif.

 

Facilitation de la remontée des anomalies

 

Une application mobile sera développée et permettra de déclarer toute anomalie observée en ferme (avortements, malformations ou mortalité), que ce soit par l’éleveur, le technicien ou le vétérinaire. Cette application sera testée sur un panel d’éleveurs en sélection et permettra de suivre la fréquence des anomalies connues et de détecter l’émergence de nouvelles anomalies.

En parallèle, un autre protocole sera mis en place pour les responsables des programmes de sélection pour le suivi et la gestion des tares génétiques importantes. Ces tares correspondent à des anomalies mineures, parfois de simples défauts de standard, dont la fréquence devient problématique à l’échelle des programmes de sélection. La conséquence est l’élimination d’un grand nombre de candidats élites et la limitation du progrès génétique. Ce protocole sera testé sur des cas pilotes : cornage en Noire du Velay et cornage en lien avec la cryptorchidie en Manech Tête Rousse.

 

Valorisation des outils génomiques pour identifier, analyser et fournir un protocole de validation des anomalies génétiques

 

L'objectif est d'établir l’origine génétique des anomalies puis à en découvrir les mutations causales en mettant à profit les techniques innovantes de la génomique (séquençage complet) et de la cytogénétique (caryotypes et réarrangements chromosomiques). Une fois la mutation identifiée, la fréquence de l’anomalie au sein de la population sera établie et le déterminisme génétique sera analysé pour fournir les éléments indispensables à sa gestion.

 

Développement d'outils d’aide à la décision et recommandations techniques pour aider les schémas dans la gestion des anomalies

 

Cela sera fait à plusieurs niveaux :

  • Les outils de sélection seront adaptés afin d'optimiser simultanément la variabilité génétique, le progrès génétique et la fréquence des mutations,
  • Les organismes et les entreprises de sélection seront accompagnés avec une proposition de gestion en fonction du déterminisme génétique de l’anomalie, de son expression, de sa prévalence dans la population…
  • Des recommandations seront diffusées au éleveurs utilisateurs des races concernées.