Indicateurs de variabilité génétique - races bovines - Edition 2019

Quelle évolution depuis la mise en place en routine de l'observatoire ?

Une lapalissade pour commencer : la variabilité génétique diminue forcément dans une population fermée. Il est donc normal que les indicateurs 2019 soient moins bons que ceux parus lors de la création de l'observatoire.

Ce qui est important à observer est le rythme de cette baisse et les différences observées entre les races.

Races laitières : préserver une base étroite

Pour les races laitières, la création de l'observatoire a été concomitante à la mise en place de la sélection génomique et son impact est bien là. Une étude plus poussée (voir cet article) permet de mieux comprendre ce qui se joue. En résumant, pour la Montbéliarde et la Normande, l'arrivée de la génomique a été une opportunité pour mieux gérer la variabilité génétique. En Holstein, une concurrence internationale exacerbée a empêché la mise en place de garde-fous qui devaient accompagner la sélection génomique pour être bénéfique d’un point de vue de la variabilité génétique (en particulier le nombre de pères à taureaux et leur renouvellement). Baisse du volume de l'IA oblige, le nombre de taureaux devrait diminuer dans les entreprises de sélection mais il faudra rester très vigilant pour en conserver un nombre suffisant pour ne pas créer de nouveaux goulets d'étranglement.

Les indicateurs pour les races bovines laitières sont disponibles dans le PDF 2019_varume_BL

Races allaitantes : une évolution normale

Pour les races allaitantes, l’impact de la sélection génomique n’est pas encore visible : l’intervalle de génération moyen reste le même (5,8 ans en moyenne). L’augmentation de la consanguinité moyenne est donc principalement le fait de la sélection classique. Les efforts faits pour maitriser la consanguinité proche (c’est-à-dire éviter de répéter le même ancêtre dans les généalogies jusqu’aux arrière grands-parents) est à peu près maitrisé, sans amélioration puisque la moyenne pour les huit races principales en sélection est la même entre 2011/2014 et 2015/2018, soit 0,50 % en moyenne. Dans la même période, les indicateurs de variabilité génétique ont baissé, les ancêtres majeurs passant en moyenne de 110 à 101 (-8%), et la taille efficace (corrélée à l’accroissement de la consanguinité) de 414 à 403 (-3%). Cette diminution est à dédramatiser : dans le même temps, la qualité des généalogies a augmenté de 7,6 à 8,3 (+9%). Cela veut dire qu’en moyenne, pour une vache de race allaitante née entre 2015 et 2018, on remonte maintenant ses généalogies sur plus de 8 générations. De façon logique, plus on connait d’ancêtres dans une généalogie, plus la consanguinité est élevée. Le seul point de vigilance que l’on pourrait suggérer est au niveau de la Gasconne, dont la connaissance des généalogies a augmenté moins vite (+12%) que sa perte de variabilité génétique (-23% pour les ancêtres majeurs ; -14 % pour la taille efficace). Cela reste néanmoins une alerte de niveau faible.

Les indicateurs pour les races bovines allaitantes sont disponibles dans le PDF 2019_varume_BV

Races à petits effectifs : une politique qui porte ses fruits

Bonne nouvelle pour les races à petits effectifs : les indicateurs de variabilité génétique se sont améliorés depuis le premier bilan ! Les politiques de gestion mises en place (accouplements programmés, choix des souches et renouvellement des taureaux d'IA, voire limitation du nombre de descendance par taureau) fonctionnent.

Les indicateurs pour les races bovines internationales (Blanc Bleu, Hereford) et à petits effectifs (Bazadaise, Bleue du Nord, Bretonne Pie Noir, Rouge Flamande) sont disponibles dans le PDF 2019_varume_BInterPE

L'observatoire en un coup d'oeil

	En 5 ans, le nombre d'ancêtres efficaces, qui est un moyen de repérer si les généalogies passent par des goulets d'étranglement (= les mêmes ancêtres répétés de nombreuses fois) est resté stable pour les races laitières, a augmenté pour les races à petits effectifs, et a diminué pour les races allaitantes. Ces dernières restent néanmoins avec un réservoir important de variabilité par rapport aux autres types de races.
Quant à la taille efficace (= inverse de la pente de la consanguinité), elle a augmenté pour les races laitières et les races à petits effectifs et diminué pour les races allaitantes.
	Les deux graphes ont permis de constater que les races à petits effectifs semblent avoir une variabilité génétique équivalente voire supérieure, en moyenne, aux races laitières. Il faut néanmoins pondérer cela par la qualité des généalogies, qui sont mieux connues dans les races en forte sélection.
Un dernier indicateur intéressant, la consanguinité calculée quand on "coupe" les généalogies au bout de la troisième génération. Ce critère est très nettement pris en considération de façon importante dans les accouplements des races bovines laitières et des races à petits effectifs, où l'on constate une diminution intéressante de cette valeur. En race bovine allaitante, elle reste stable, à un niveau correct mais qui pourrait être amélioré par des plans d'accouplements.