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Adaptation des animaux en fonction des systèmes d’élevage

Les interactions génotype x milieu

Publié le par Stéphanie Minéry (GenEval)
Choix des reproducteurs Bovin lait Ovin lait Bovin viande Caprin Ovin viande
Les animaux sont-ils reclassés lorsqu'on les change d'environnement ? Les meilleurs animaux seront-ils les mêmes s'ils sont élevés dans un élevage "bas intrants" ou dans un élevage "intensif" ? Autant de questions auxquelles les études sur les interactions génotype x milieu (GXE) permettent de répondre. Ce document fait la synthèse des différents articles bibliographiques sur le sujet. Et pose la question des besoins spécifiques des éleveurs, en matière de génétique, en recherche d'autonomie alimentaire. Il a été réalisé dans le cadre du programme AUTOSYSEL, financé par la CNE.

Sélectionnés dans un milieu donné

Les animaux sont évalués génétiquement et sélectionnés dans un type d’environnement donné. Cela permet d’éditer un classement sur la valeur génétique des animaux pour un caractère donné (par exemple la quantité de lait) ou bien pour un critère synthétique global (comme l’ISU en bovin lait), afin de choisir comme reproducteurs ceux qui seront les mieux adaptés et répondront aux objectifs de sélection. On fait l’hypothèse cependant d’une certaine homogénéité des milieux au sein d’un même pays. Cette hypothèse est discutable, d’autant plus lorsque le pays est grand et/ou présente de fortes disparités en termes de climat, altitude, milieu naturel, ce qui peut avoir des répercussions sur les systèmes d’élevages, alimentaires notamment. Dans ce cas, faut-il continuer à conserver un palmarès unique des animaux reproducteurs, ou faut-il classer (sur leur valeur génétique) les animaux différemment selon les milieux ? Et notamment, la génétique des meilleurs taureaux s’exprime-t-elle différemment entre des systèmes bas et hauts intrants ? C’est tout l’objet des études portant sur ce qu’on appelle « les interactions génotype milieu » (G x E). Dans le programme « AUTOSYSEL »  sur l’autonomie alimentaire et protéique des systèmes d’élevage herbivore français, une revue bibliographique sur les interactions génotype milieu a été réalisée. 

 

Principales conclusions de la revue bibliographique 

La majorité des travaux sur les interactions génotype x milieu (GXE) sont réalisés en race bovine laitière, et en race Holstein. Des interactions GxE sont souvent mises en évidence lorsque les types génétiques sont assez éloignés les uns des autres et/ou les milieux d’élevage sont très contrastés (ex. système intensif vs système extensif). Mais elles se limitent le plus souvent des effets d’échelle (plus grande variabilité des caractères dans certains milieux) et n'engendrent que rarement des reclassements (en cas de reclassement, les types génétiques les meilleurs ne sont pas les mêmes selon les systèmes).

 

En France, les effets d’interaction G x E sont faibles, et de type « effet d’échelle », pour les caractères étudiés (production laitière, niveau cellulaire, fertilité), dans les races Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde (Huquet, 2012).

Si les effets d’échelle ont peu de conséquences pour la conduite d’un schéma de sélection, les effets de reclassement eux posent plus de problèmes. Lorsque ces derniers existent, dans une race et sur certains caractères importants, les acteurs devraient être amenés à intégrer les interactions génotype x milieu dans les évaluations génétiques, pour proposer une valeur génétique par milieu, ou des index de synthèse adaptés à chaque milieu. Dans certains systèmes, il faut également se poser la question du choix de la race la plus adaptée.

 

Besoins spécifiques pour les éleveurs en recherche d'autonomie alimentaire ?

Les préoccupations des éleveurs en recherche d’autonomie alimentaire, en matière de génétique, sont assez comparables à ceux des enjeux de l’agro-écologie pour laquelle une étude a été réalisée récemment pour le Ministère en charge de l’Agriculture (MAAF) (Phocas et al., 2015). Il a été mis en évidence que les éleveurs souhaitent mieux connaître les outils de la génomique pour mieux les utiliser. Des formations des éleveurs et des techniciens sont nécessaires afin qu’ils s'approprient ces nouveaux outils. Mise à part l’efficience alimentaire, qui n’existe pas à ce jour dans les caractères en sélection chez les ruminants, la plupart des critères sont jugés satisfaisants par rapport aux besoins spécifiques de l’agro-écologie.

 

Un renforcement des caractères liés à la robustesse (santé reproduction) est souhaitable, mais c’est déjà la direction prise depuis les années 2000 dans les différentes filières. Le croisement entre races (hormis en ovins allaitants) ou le changement de race ne sont pas des pratiques très plébiscitées. En revanche, il est possible de mieux tirer parti de la large palette des reproducteurs disponibles dans une race donnée, et, pourquoi pas, de développer des index de synthèse répondant à des besoins spécifique d’éleveurs.

 

La génomique permet une sélection « à la carte » où les éleveurs peuvent mieux choisir qu’auparavant leurs reproducteurs, et ainsi mieux répondre à leur propre objectif de sélection. Quant à l’efficience alimentaire, des travaux de recherche d’envergure ont démarré en France en 2016. La génomique ouvre ici des pistes intéressantes pour ce critère difficile (et onéreux) à mesurer en routine.