« OVIGEN », vers une plateforme génomique ovine ?

Fin 2019, un projet de Plateforme Génomique a été accepté à l’appel à projets PIA3 « investissements d’avenir » ouvert par BPI France et la région Occitanie. Ce projet vise à faciliter l’accès des élevages de sélection aux outils génomiques. En test sur des races occitanes, l’objectif est de mettre cette plateforme à disposition de toute la filière ovine allaitante. Un service de génotypage comprenant assignation de parenté et prédiction de gènes majeurs sera offert aux éleveurs en sélection d’ici 3 ans.

Quels enjeux pour les ovins?

Pour diverses raisons (taille de troupe importante, systèmes pastoraux...), l’obtention des paternités en élevage ovin allaitant est délicate. Selon les races (et les systèmes), les taux de paternité connue en sélection varient de 5 à 95%. La méconnaissance des généalogies dans certaines races représente un frein non négligeable au progrès génétique et à l’efficacité globale des schémas de sélection. Dans le cas inverse, les forts taux de paternité connue s’obtiennent au prix de contraintes techniques lourdes qui doivent être allégées dans l’optique de recruter de nouveaux sélectionneurs. La technique d’assignation moléculaire d’un agneau à son père représente donc une opportunité intéressante pour les sélectionneurs. En parallèle, les découvertes récentes sur les gènes majeurs, autour de l’hyper-prolificité ou encore de l’hyper-muscularité sont autant  d’espoirs pour voir la sélection intégrer les outils moléculaires.

L’autre enjeu primordial concerne le prix de revient des génotypages. Par le développement massif des analyses sur un même outil qui regroupe à la fois les informations nécessaires pour l’assignation et les différents gènes majeurs, l’émergence de nouvelles techniques de génotypages moins couteuses et la recherche de nouveaux partenariats (laboratoires français et européens), le projet devrait permettre de réduire les coûts par génotypage.

Un double objectif

Il s’agira premièrement de mettre en œuvre une plateforme de génotypages (gènes majeurs et assignation) au service des éleveurs. Son rôle sera de couvrir toutes les étapes de génotypage allant de la commande du test génomique à la mise à disposition des résultats valorisés dans OVALL. Pour cela, il faut adapter le système actuel d’informations génétiques et génomiques, tout en prévoyant l’intégration régulière de nouvelles informations génomiques disponibles à court et moyen termes.

Le deuxième objectif est d’accompagner au mieux la valorisation des résultats produits par la plateforme. Des développements méthodologiques sont prévus pour proposer un service de conseil adapté à la sélection assistée par marqueurs et pour développer des index génomiques intégrant les nouvelles informations moléculaires. Les activités de recherche de ce projet permettront d’optimiser la gestion des schémas de sélection allaitants par l’intégration des informations génomiques en cohérence avec les informations génétiques actuellement disponibles.

Valérie Loywyck (Institut de l'Elevage)