Présidé par Jean-Louis Peyraud (Directeur Scientifique Agriculture à l’Inra - UMR Production du Lait à l'Inra Saint-Gilles) depuis fin 2011, le rôle du COS de l’Institut de l’Élevage est de formuler des avis sur l’orientation des travaux de l’Institut de l’Élevage, de contribuer à la cohérence et à la complémentarité des travaux par rapport à tout ce qui est fait par ailleurs dans le monde de la recherche, et d'apporter une vision prospective dans un monde qui évolue fortement.
Ses avis concernent aussi les aspects organisationnels, notamment les articulations entre les UMT et les RMT.
Il est composé de personnalités issues des différentes sphères d’influence de l’Institut de l’Élevage : les filières (entreprises laitières, entreprises viande, interprofessions lait et viande), les pouvoirs publics (FranceAgriMer, ministère de l’Agriculture), la recherche (Inra, Grandes Écoles agronomiques).
Il se réunit 2 fois par an.