Sarcosporidiose et cysticercose : étude de la contamination environnementale en sortie de station d’épuration par des enquêtes en élevage bovin

Contexte

L’institut de l’Elevage est un institut technique de référence en matière d’élevage de ruminants. Vous travaillerez dans le cadre d’un projet de recherche mené par le service Qualité des Carcasses et des Viandes.

La sarcosporidiose est une maladie parasitaire qui est à l’origine, chez certains bovins, de lésions de myosite éosinophilique (points verdâtres dans la viande) donnant lieu à des saisies de carcasses à l’abattoir. Ces saisies sont peu nombreuses en regard du nombre de bovins porteurs du parasite. Cependant, la nature des saisies et la valeur des carcasses concernées sont à l’origine de pertes économiques importantes. L’origine de ces lésions est multifactorielle mais leur mécanisme encore mal connu. La cysticercose est une maladie parasitaire ayant un cycle très proche à celui de la sarcosporidiose, qui est en outre une zoonose, et est également à l’origine de pertes économiques suite à des saisies en abattoir.

Une étude sur la sarcosporidiose centrée sur les modalités de contamination des bovins en lien avec les pratiques d’élevage a été réalisée en 2017 – 2018 par l’Idele. La présente étude s’inscrit dans la suite de ces travaux. Elle est centrée à la fois sur la sarcosporidiose et la cysticercose, et porte spécifiquement sur  la charge parasitaire en sortie de station d’épuration (STEP) puis la dilution dans l’environnement. Elle apportera de nouvelles informations complémentaires sur les aspects parasitaires en élevage et sur la contamination des bovins.

Objectif

Dans le cadre de ce projet, l’institut de l’Elevage souhaite réaliser des enquêtes dans les élevages concernés par des saisies en abattoir à la fois pour myosite éosinophilique et pour cysticercose, afin de :

1. établir l’existence ou non de recoupements géographiques entre les deux parasites, puis mettre en évidence des facteurs de risque associés,
2. déterminer la charge parasitaire en sortie immédiate des stations d’épuration situées en amont des élevages enquêtés, puis à distance, sur les eaux épurées, ainsi que sur les boues épandues le cas échéant, afin d’évaluer la dilution progressive dans l’environnement.

Mission

Vous aurez pour mission de :

• Réaliser une recherche bibliographique sur la thématique afin de vous familiariser avec le sujet 

• Participer à la construction du questionnaire d’enquête qualitative en élevage et à la préparation de l’enquête (planification, logistique…)

• Organiser et réaliser les enquêtes dans les élevages, et réaliser les prélèvements en sortie des stations d’épurations concernées

• Réaliser une analyse et une interprétation des données disponibles.

Pour réaliser ces missions vous serez encadré par l’Institut de l’Elevage.

Profil souhaité

• Elève ingénieur agronome ou master en stage de fin d’études, étudiant vétérinaire en thèse

• Intérêt pour l’élevage bovin

• Compétences : réalisation d’enquête en élevage, traitement des données, rigueur et autonomie, sens de l’organisation, force de proposition, capacité de synthèse et de rédaction, bon relationnel.

• Maitrise des outils informatiques